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生物信息学第九章结构生物信息学

本章内容提要1.蛋白质的结构与功能2.蛋白质结构的数据库、结构分类以及可视化3.蛋白质二级结构预测4.蛋白质三级结构预测

1.蛋白质的结构与功能蛋白质的结构–主要由一级序列所决定蛋白质的功能–主要由三级结构所决定球蛋白(Globularproteins):疏水的内核亲水的表面膜蛋白(Membraneproteins):特定的疏水表面亚稳态(marginallystable):折叠之后的蛋白质无序性(Intrinsicallydisordered):许多蛋白质必须与其他蛋白质结合后才能够获得稳定的结构因此，预测蛋白质的结构和功能非常的困难

蛋白质结构的四个基本层面

一级和二级结构1.一级结构氨基酸的线性序列氨基酸残基之间连接的共价键2.二级结构氨基酸残基局部空间内的排列短程的、非共价的相互作用周期性的结构模式：?-helix,b-sheet，loops,coils

?a?-helix1.蛋白质中最多的二级结构2.平均长度：10个氨基酸残基(10A0)长度范围：5-40aa每一圈：3.6个aa通过氢键(~per4aa)稳定结构通常在内核的表面，疏水残基向内，亲水残基向外

??helix通过氢键稳定结构C=blackO=redN=blue

R-侧基分布在??helix的外侧

??helices：氨基酸偏好Ala,Glu,Leu,Met：出现频率高Pro,GlyTyr,Ser：出现频率低

??-StrandsSheets1.一般不单独出现，成对或多个出现2.?链通过氢键连接，稳定结构3.相互作用的部分通过短的/长的loop连接4.平行或反平行的?-sheet

反平行的?-sheet

平行的?-sheet

混合的?-Sheets

?Loops1.连接?-helix和b-sheet2.长度和三级结构不定3.在蛋白质结构的表面4.受点突变的影响小5.柔性好，构象变化余地大6.带电荷、极性的氨基酸比例高7.倾向成为活性位点

Coils无序性(Intrinsicallydisordered):介导蛋白质-蛋白质之间的相互作用

三级和四级结构三级结构肽链折叠成三维的空间结构二级结构在空间上的排布长程的、共价与非共价的相互作用四级结构多个肽链在空间上的排布

超二级结构1.StructuralMotifs：超二级结构或二级结构的组合2.Domains:Motifs的组合

一些常见的结构性motifs1.Helix-turn-helix:e.g.,DNAbinding2.Helix-loop-helix:e.g.,Calciumbinding?3.b-hairpin:2adjacentantiparallelstrandsconnectedbyshortloop4.Greekkey:4adjacentantiparallelstrands5.b?b:2parallelstrandsconnectedbyhelix

H-T-HH-L-H

?b-hairpin

Greekkey

Beta-alpha-beta

Domains：Motifs的组合

一个或多个domains

六种蛋白质的结构类型(1)aDomains:a螺旋束通过loops连接(2) ?Domains:主要是反平行?片，两对?片形成sandwich结构(3) a???Domains:a螺旋连接的平行的?片(4)a???Domains：a螺旋和?片各自形成单独的结构(5)Multidomain(a????)：包含多种domains(6)Membranecell-surfaceproteins

?-domainstructures:

4-helixbundles

Up-and-downsheetsandbarrel

Greekkeymotifs

a???Domains

TIMbarrelRossmanfold

2.蛋白质结构数据库、结构分类以及可视化1.蛋白质结构的数据库：PDB,MMDB,MSD2.蛋白质结构的分类：SCOP,CATH,DALI/FSSP3.蛋白质结构的可视化：Cn3D，Rasmol/Raswin

蛋白质结构的数据库

PDB(RCSB)

MMDB

MSD

蛋白质结构的分类

蛋白质结构的可视化RasWinCn3D

3.蛋白质二级结构预测1.Chou-Fasmanpredict