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生物信息学
（Bioinformatics）
课程基本信息
课程编号课程总学时：32
实验学时：12
课程性质：选修
课程属性:专业类
开设学期：第7学期
适用专业：园艺、设施农业科学与工程、茶学
对先修的要求：具备计算机科学基本素质与能力，具有生物学和统计学基础
对后续的支撑：提升文献检索与科技论文写作能力，为升学，进入生命科研领域做铺垫
一、课程的教学理念、性质、目标和任务
《生物信息学》是为将要进入研究生阶段学习的高年级本科生开设的专业加深课。是一门集生物学、计算机科学、数学等学科等交叉学科，它通过对生物学实验数据对获取、加工、存储、检索和分析，达到揭示数据所蕴含对生物学意义，从而解读生命活动规律。该课程主要介绍生命科学研究过程中所要涉及到的基本信息获得和分析处理的资源和方法，包括生物信息学数据类型和数据库使用，蛋白质核酸序列比对原理与方法，蛋白质核酸的结构预测，高通量测序原理，PCR引物设计分析，Python、R语言介绍等内容。通过对这门课程对学习，学生们不仅可以更好的参与社会应用（比如智慧育种等），而且也可以对将来进入科研深造打下基础。
二、课程教学的基本要求
1.理论知识方面：了解相关名词的背景及含义，掌握生物信息学存储数据格式，知晓对应软件的安装与使用。
2.实验技能方面：培养学生发现问题、解决问题的能力；引导良好的处理大数据的思维方式。
三、课程的教学设计
1.教学设计说明
理论课大班授课，以老师讲授的方式授课，学生首先进行课前预习，老师通过课堂提问、互动、案例分析、课题测试等方法，充分调动起学生的积极性，及时了解学生对知识的掌握情况。
实验课小班授课，让学生自己操作电脑，进行程序使用和数据分析，将理论课和实验课有机结合起来，达到最佳的教学效果。教学考核采取多种方式，通过课堂到课率、回答问题、测试、实验操作过程及结果等进行综合考察，使学生更好的掌握所学。
2.课程目标及对毕业要求的支撑
序号
课程目标
毕业要求
1
通过学习生物相关数据，了解动植物生命活动分子生物学的基本原理，掌握生物信息学的学习方法。
3
2
通过生信相关软件的学习，培养学生处理大数据的能力和思维方式。
4
3
通过理论和实验课程学习，激发学生探索生物生命科学问题的兴趣。
8
四、理论教学内容及学时分配（20学时）
第一章绪论
学时数：2
教学目标：了解生物信息学的学习内容，学习方法。
教学重点和难点：生物信息学的研究领域、主要应用和学习方法。
主要教学内容及要求：
了解生物信息学的学习内容，包括生物信息学数据和数据库、序列比对与分析、高通量测序、编程语言初识、基因表达分析、在线工具使用等内容。
理解生物信息学的研究领域，涉及植物，动物、微生物相关的农业，医学，交叉学科等计算机和生命广泛领域。
掌握生物信息学的发展史，从第一份生物数据产生开始，生物信息学就诞生了，受益于计算机科学的不断发展，生物信息学也进入了快速发展的黄金阶段。
熟练掌握生物信息学的各类学习方法，初步认识常见编程语言、生物信息学常用软件。
教学组织与实施：在多媒体教室进行PPT授课，课中让同学自由讨论对生物信息学的认识和生物学的作用，播放人类基因组计划的新闻视频激发学生探索生命奥秘的兴趣。生物信息学不仅为学生提供必要的基础理论知识的同时，重点培养学生利用专业技能分析解决问题的能力，为学生从事与生物学相关专业技术工作、科学研究工作等打下坚实的基础，培养学生认真严谨的工作作风。
第二章生物信息学常用数据库
学时数：2
第一节常用数据库简介（1学时）
教学目标：了解生物信息学常用数据库的种类及其功能。
教学重点和难点：生物信息学常用数据库的主要功能和应用场景。
主要教学内容及要求：了解生物信息学常用数据库的种类；理解数据库的使用场景及其解决问题的方法；掌握生物信息学常用数据库的应用场景和主要功能。
教学组织与实施：在多媒体教室进行PPT授课，课中让同学自由讨论生物信息学常用数据库对生物学研究的作用。播放与本课程内容相关的视频，并与同学们分享本课程相关的最新科研进展。
第二节数据库的选择和使用（1学时）
教学目标：掌握如何正确选择和操作使用生物信息学数据库。
教学重点和难点：生物信息学常用数据库的选用和操作步骤。
主要教学内容及要求：了解生物信息学常用数据库的分类、功能及其布局；掌握生物信息学常用数据库的选用；熟练掌握生物信息学常用数据库的操作。
教学组织与实施：在多媒体教室进行PPT授课，课中让同学们分组讨论，通过选择和使用相应的数据库解决某一具体生物学问题。播放与本课程内容相关的视频，并与同学们分享本课程相关的最新科研进展。
第三章序列比对与分析
学时数：3
第一节两条序列联配及其算法（1学时）
教学目标：了解两条序列联配目的，掌握
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