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常用DNA分子标记类型和特点

常用DNA分子标记类型和特点

依据对DNA多态性的检测手段，DNA标记可分为四大类：

第一类为基于DNA．DNA杂交的DNA标记。主要有限制性片段长度多态性标记（RFLP）、可变数目串联重复序

列标记(VNTR)、单链构象多态性RFLP(SSCP．RFLP）等；

第二类为基于PCR的DNA标记。主要有随机扩增多态性DNA（RAPD)，简单重复序列DNA

标记(SSR)，测定序列标签位点(STS)，表达序列标签(EST)，测序的扩增区段（SCAR)；

第三类为基于PCR与限制性酶切技术结合的DNA标记。主要有两种，一种是扩增片段艮度多态性（AFLP)，

第二种是酶解扩增多态顺序(CAPS）;

第四类为基于单核苷酸多态性的DNA标记.主要是单核苷酸酸多态性(SNP）.

各类常用分子标记的特点和应用如下:

标记名引物设计方法特点应用多态性原因

称

RAPD以几个随机寡核苷简便、易行、灵遗传资源保存、遗多态性是由于

酸（常用10个）为敏、安全性好、传多样性研究、种引物与不同区

引物DNA用量少，能质资源鉴定、遗传段的同源序列

快速进行基因多资源分类、品种纯结合，产生不

态性研究，但重度鉴定、遗传图谱同的DNA产物

复性较差的构建、突变检

测、基因标记和基

因组比较

RFLP以单拷贝或低拷贝共显性、信息完品种鉴别和品系多态性主要足

的整、稳定性、重纯度鉴定、分子标由于限制性内

DNA克隆（基因组复性好记连锁图谱构建、切酶酶切位点

DNA或cDNA）作探基因定位、种质鉴或位点间DNA

针定和遗传背景分序列中

析、遗传多样性分单碱基的替

析换、DNA片段的

插入、缺失、

易位和倒位等

引起

SSR两端序列较保守，共显性、信息完生物遗传作图、基多态性是由于

SSR引物根据与微整、稳定性重复因SSR座位的基

卫星重复序两端的性好,操作简单定位、群体遗传研本单元重复次

特定短序列设计，究、个体间亲缘关数的小同而形

用来扩增重复序列系成

本身，从而揭鉴定

示微卫星的多态

性.

SNPDNA测序中碱基的SNP的数量极其适应于复杂性状多态性足由于

峰丰的遗传分析、引起单个核苷酸的

高和面积变化，已富,并且可以进群体变异所引起

有行自动化检差异的基因识别