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职业教育医学生物技术专业教学资源库人体噬菌体组宏基因组测序
宏基因组测序不依赖于病毒颗粒分离的研究方法——宏基因组测序原核微生物基因组中具有保守的编码16SrRNA的基因，可根据16SrRNA序列的多态性来推测原核微生物群的组成。而噬菌体在内的病毒基因组中不具有群体保守的基因，这一局限性曾一度阻碍了噬菌体组的研究。随着科技的发展，不断进化的测序技术和持续降低的测序成本为更大程度获取噬菌体组信息提供了可能。宏基因组学能够揭示群落样本中不同微生物的组成与丰度情况，包括其中的噬菌体成分。
宏基因组测序不依赖于病毒颗粒分离的研究方法——宏基因组测序2010年，首个对粪便病毒组的宏基因组研究揭示了肠道中大多数(83%～91%)噬菌体组不同于以往已发现的噬菌体。无须扩增，直接采用宏基因组数据分析噬菌体组，能够更客观地展现噬菌体组的构成，但是也更加依赖于数据库以及大量的生物信息学分析，且由于背景微生物较多，低丰度噬菌体的检出对测序技术敏感性的要求更高。
宏基因组测序在抽提核酸时，以下问题需要考量：采用经典的酚/氯仿/异戊醇方法，还是选择商品化试剂盒?如果是后者，选择哪种试剂盒抽提效率更高?不同抽提方法的研究结果放在一起比较或整合是否可靠?根据以往的测序数据，包含噬菌体组在内的病毒组中有高达90%的部分不能匹配到参考数据库，这部分难以被分析的序列就如同噬菌体组中的“暗物质”。
宏基因组测序噬菌体组数据具有以下特征：含有大量重复序列、存在同宿主发生相互作用的高度可变基因组区域、具有高的突变率(导致宏基因组复杂性增加及噬菌体株发生变化)。
宏基因组测序噬菌体群DNA产量较低，根据估算，每克粪便中病毒总DNA量能达250~500ng。噬菌体基因组相对于细菌基因组小，这极大地限制了测序过程中reads覆盖率。从健康人体组织中获取的病毒核酸含量更低，需要将样品富集到每微升含10个噬菌体才能进行后续处理。
宏基因组测序另外一种扩增方法——加接头扩增的鸟枪法文库(linkeramplifiedshotgunlibrary,LASL)对扩增的初始DNA浓度要求较高，能够扩增dsDNA噬菌体组和由噬菌体RNA逆转录得到的双链cDNA,对ssDNA噬菌体组的扩增效率相对较低。此外，不依赖于序列的DNA和RNA扩增(sequence-independentDNAandRNAamplification,SIA)可以用于DNA或RNA噬菌体组扩增，但该方法对DNA病毒组的扩增效率低于MDA。
宏基因组测序测序后reads覆盖率低及序列重复会导致基因组拼装效果差、序列破碎程度及错误组装率高。序列拼装软件的选择对于噬菌体组后续分析质量有很大影响。宏基因组序列组装程序的准确度和有效性通常利用已知的微生物群组成模拟数据集来评估。利用宏基因组学分析噬菌体组，除了从头开始实验之外还有另外的思路：整合前期分析菌群的宏基因组数据，应用大数据挖掘的方法对其中的噬菌体组进行研究。
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