生物信息学基础.pptVIP

生物信息学

Bioinformatics

孙丽丹

;一、引言

二、生物信息学及其开展历史

三、生物信息学根底

四、生物信息学主要研究内容

五、生物信息学当前的主要任务;引言;曼哈顿原子弹方案;基因组方案带来的科学挑战;这些过程都需要生物信息学的帮助!;生物信息学的应用–医学;病人／

健康人;此外，生物信息学和人类基因组方案为药物靶标的发现和新药的研制开创了新天地，未来的药物设计将是基于生物信息学的知识挖掘的过程。;生物信息学及其开展历史;生物信息学〔Bioinformatics〕

这一名词的来由;生物信息学？－－新兴的交叉学科;So,;生物信息学

根本思想的产生;

20世纪50年代：生物信息学开始孕育

20世纪60年代：生物分子信息在概念上将计算生物学和

计算机科学联系起来

20世纪70年代：生物信息学的真正开端(序列比对算法)

20世纪80年代初期：生物信息分析方法的开展

20世纪80年代以后：生物信息效劳机构和数据库

20世纪90年代后：HGP促进生物信息学的迅速开展;生物信息学根底;;;;生物信息学主要研究内容;生物信息学主要研究内容;通过本门课程的学习，我们将能够：

１．学会搜索各种生物信息学资源；

２．能够利用各种工具搜索核酸／蛋白质数据库；

３．能够对未知基因及其产物进行初步的生物信息学分析；

４．能够利用数据库进行序列的拼接和电子克隆；

５．能够进行系统发育树的构建和分析；

６．能够掌握基因组和蛋白质组分析的根底；

７．了解生物信息学的一般概念和根本算法；

８．初步设计本地化的的生物信息学分析软件．;;

生物信息学主要研究的信息载体

DNA/RNA分子

蛋白质分子

;?;生物分子信息的特征;生物信息学数据库资源;生物信息学数据库资源;模式生物基因组方案;生物信息学数据库资源;三大基因数据库;三大基因数据库之间的关系;生物信息学数据库资源;蛋白质序列数据库;蛋白质结构数据库;基因组

数据库;;什么是序列分析?

拿到一个基因/蛋白质序列,

我能做什么?;在数据库中进行序列相似性搜索

序列组成/分子量/等电点---初级分析

酶切位点分析〔载体构建〕

基因结构分析/启??子序列分析

Motif的寻找与序列的模式识别(含跨膜区的预测等)

亚细胞定位

功能域〔domain〕预测;序列比对;序列比对;序列的相似性;

所以,

相似性的数值一定比一致性的要()

大or相等or小;同源性(homology)：

指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序

列具有共同祖先的结论，属于质的判断。

就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者

非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都

是不科学的。;相似性和同源性关系;主要的blast程序;Blastn1的作用：

①对于的基因，可以分析其相似基因；②对于未知的基因片段，可以分析其属于什么基因。

Blastn2的作用：

对于新基因,可以了解基因的结构特征,5-UTR和3-UTR的大小.

Blastp的作用：

①对于的蛋白，可以分析其相似蛋白；②对于未知的蛋白片段，可以分析其属于什么蛋白。

Blastx:

①分析你的基因编码什么产物?②分析你的基因是否是新基因？

tBLASTn的作用:

一种蛋白序列，在另一物种中进行其同源蛋白基因的电子克隆(insilicocloning)；

寻找一个新的蛋白质序列(如双向电泳得到的)是否已有核酸序列，是否可以克隆。;基因表达数据分析与处理;基因芯片;

生物信息学和基因芯片;生物信息学在基因芯片中的应用;生物大分子结构预测;蛋白质结构预测;复杂结构分析：

X射线晶体结构分析、多维核磁共振〔NMR〕波谱分析和电子显微镜二维晶体三维重构〔电子晶体学，EC〕等物理方法;纵观当今生物信息学界的现状，大局部人都把注意力集中在:

基因组

蛋白质组

药物设计(蛋白质结构);生物信息学研究意义;