生物信息学实验-课程教学大纲.docx

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ADDINCNKISM.UserStyle《生物信息学实验》课程教学大纲

（实验课程）

一、课程基本信息

课程号

1223S00068

开课单位

生命科学学院

课程名称

（中文）生物信息学实验

（英文）BioinformaticsPractice

课程性质

必修

考核类型

考查

课程学分

1

课程学时

34

课程类别

学科核心课

适用专业（类）

生物信息学专业、生物信息学专业凤凰班

二、课程描述及目标

（一）课程简介

《生物信息学实验》课程是生物信息学专业（类）配合《生物信息学》理论课开设的一门“学科核心课程”，旨在使学生了解生物信息学的基本知识，培养和训练学生生物数据的获取、处理和分析等的素质与能力，并能将python编程用于数据处理和分析解决实际的生物信息学问题。本课程主要涉及生物信息获取的有关知识及理论。本课程主要包括生物序列的搜素与获取、生物序列的提取、序列比对的操作、序列比对算法的编程实现、滑动窗口的模拟实现、生物数据库的搜索、系统发育树构建等实验项目。

（二）教学目标

通过本课程，使学生掌握生物信息学数据的获取、分析，主要在以下四个方面达到课程学习的要求：

课程目标1：掌握生物数据的基本格式和序列比对的基本原理；

课程目标2：掌握生物序列处理的方法；

课程目标3：掌握应用python脚本进行序列比对的方法；

课程目标4：掌握生物序列数据的分析原理及实验。

三、课程目标对毕业要求的支撑关系

毕业要求指标点

课程目标

1-4：掌握统计学、生物学、信息科学与技术等方面的基本知识和理论。

课程目标1

2-2：具有较强的综合运用所掌握的理论知识和技能，从事生物信息学及其相关领域科学研究和技术开发的能力；

课程目标4

2-3：具有浓厚的科学兴趣及批判性思维能力；

课程目标3

3-3：具备良好的专业素质，受到严格的科学思维训练，有求实创新的精神、批判性思维和可持续发展理念；

课程目标2

四、教学方式与方法

任课教师首先对基本理论和算法进行讲解、演示，之后指导学生进行上机操作，通过任务教学方法是学生能够掌握课程的内容。

五、教学重点与难点

（一）教学重点

1．生物信息数据库的检索及生物序列的搜索和获取方法；

2．生物序列比对的打分原理和实现方法；

3．系统发育树的构建算法及实现。

（二）教学难点

1．生物序列的搜索和获取方法；

2．生物序列比对的打分原理和实现方法；

3．系统发育树的构建及结果解析。

六、实验内容、基本要求与学时分配

序号

实验项目名称

实验内容与要求

学时

类型

对应课程目标

1

计算机硬件的认识及科技文献的搜索

通过实物展示，认识计算机硬件；通过实际操作，学会使用知网和webofscience进行科技文献的搜索。

2

演示性

课程目标1

2

生物数据库的认识

熟悉常用生物信息数据库网站；能够以给定检索词，在核酸和蛋白质数据库中搜索到相应的序列和结构。

2

综合性

课程目标1、2、4

3

序列数据的搜索与下载

掌握fasta格式、Genbank格式和EMBL格式的特点；学习下载相应格式的序列文件

2

综合性

课程目标1、2、4

4

Genbank格式的处理及目的序列的提取

指导学生通过python脚本编写，获取Genbank格式中的特定序列。

4

综合性

课程目标1、2

5

滑动窗口的实现

以给定序列，写python脚本，创建一系列以特定的滑动窗口视窗，并输出所有的视窗，并给视窗编号。

2

综合性

课程目标1

6

序列比对的网上操作

学会序列比对的网上操作，熟悉参数设置；学会序列比对结果解读

2

综合性

课程目标3

7

BLAST算法的简单实现

以给定的两条序列，在不考虑gap的情况下以编写python脚本实现BLAST算法比对两条序列，并计算出两条序列比对之后的得分

4

验证性

课程目标3

8

BLASTn的本地实现

以给定序列进行本地BLASTn操作，修改参数比较结果的差异，熟记操作的命令；学会比对结果描述。

4

综合性

课程目标3

9

动态规划算法比对序列的实现

编写python程序，读取两条蛋白序列，并按照动态规划评分进行序列比对，得到最佳得分，输出比对序列，引入空格位置用“-”表示，输出最后的得分。

8

综合性

课程目标3

10

PAM250氨基酸比对得分查询

编写python程序实现PAM250.文件的查询和得分结果输出。

2

综合性

课程目标2、3

11

系统发育树构建

以给定序列采用NJ法和ML法分别构建系统发育树，并对所得结果进行分析

2

综合性

课程目标2、3

合计

34

七、学业评价和课程考核

（一）考核类型：?考试?考查

（二）考核方式：?实验报告?实验作品

?其它：（填写具体考核方式）

（三