转录组高通量测序的优势.pdf

・1.转录组

•2.高通量测序

•3.转录组数据分析

・4.差异表达基因分析

•5.趋势性上调和下调基因分析

・6.基因集功能富集分析

1.1transcriptome

＞转录组(transcriptome)是指特定生物体在某种状态或某一生

理条件下，细胞内所有基因转录产物的总和，包括信使RNA

、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有

mRNA的集合。

＞从RNA层次研究基因表达的情况，即为转录组学(

transcriptomics),是研究细胞表型和功能的一个重要手段。

1.2转录组研究的重要性

＞转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的纽带，转

录水平的调控是最重要也是目前研究最广泛的生物体调控方式。

＞转录组的研究比基因组的研究能给出更高效的有用信息。

＞与基因组不同，转录组更有时间空间性。除了异常的mRNA降解

现象（如转录衰减）以外，转录组反映的是特定条件下活跃表达

的基因

＞转录组的研究可以提供什么条件下什么基因表达什么信息，从而

推断相应未知基因的功能，揭示特定调节基因的作用机制

＞对转录本的定量可以了解特定基因的活性和表达量，用于疾病的

诊断和治疗

＞通过对转录组的研究，也让个性化医疗的目标，从共性转移到个

性，成为可能

1.3转录组研究的技术

主要包括如下三种：

1)基于杂交技术的微阵列技术；

A2)基于Sanger测序法的SAGE(serialanalysisofgeneexpression)和

MPSS(multipleparallelsignaturesequencing)；

A3)基于新一代高通量测序技术的转录组测序。

几种转录组研究所用技术的比较

转录组所用技术MicroarraySAGE和MPSSRNA-seq

原理寡核甘酸杂交Sanger测序高通量测序

信号荧光信号数字化信号数字化信号

分辨率数个-上百个单碱基单碱基

分辨率高低高

背景高低低

成本高高相对较低

起始RNA用量多多少

DNA芯片技术：只适用于检测已知序列，却无法捕获新的mRNA。杂交

技术灵敏度有限，对于低丰度的mRNA,微阵列技术难以检测，也无法

捕获至IJ目的基因mRNA表达水平的微小变化。

SAGE（基因表达系列分析）：

＞可以全面了解特定组织或细胞类型中基因群体表达状态，它的显

著特点是能够大量获取基因组范围基因表达的类别与丰度，该技

术成功地应用于特异组织或细胞的转录组研究和mRNA群体间差

异表达基因鉴定。

＞缺点是需要大量的mRNA

MPSS（多重性平行定序）:

＞对于功能基因组研究非常有效，能在短时间内捕获细胞或组织内

全部基因的表达特征；对于鉴定致病基因并揭示该基因在疾病中

的作用机制等发挥了重要作用。

＞可以侦测到极为罕见的基因表现

1.4转录组测序

(1)RNA聚合酶I和皿负责种类稀少、功能重要的看家非编码

RNA基因的转录，包括rRNA,tRNA,snoRNA,snRNA等。由这

两类RNA聚合酶转录的非编码RNA属于看家RNA,在各种生理和

病理状态下都被高水平转录，转录产物占细胞内RNA总量的95%

以上，不是生命科学研究前沿领域的主要关注对象

(2)RNA聚合酶n负责蛋白质编码基因和调控非编码