基于人工神经网络模型分析硬皮病关键基因和免疫浸润机制及靶向中药预测.pdf

世界科学技术思路与方法

基于人工神经网络模型分析硬皮病关键基因和

免疫浸润机制及靶向中药预测*

1,2**

畅，郭克磊²，卞华

左志威，杨梦蝶3，尚炳锂，刘申

（1.河南中医药大学骨伤学院450008；2.南阳理工学院河南省张仲景方药与免疫调节重点实验室

郑州南阳

473004；3.河北中医药大学学生处石家庄050200)

摘要：目的建立基于基因表达综合数据库（GeneExpressionOmnibus,GEO)硬皮病相关基因的机器

学习和人工神经网络（Artificialneuralnetwork，ANN)联合诊断模型并评价其效果及预测和分析靶向中药。

方法通过GEO数据库获取两份硬皮病芯片GSE23741与GSE95065合并作为训练组数据集，使用随机森林

和lasso回归算法筛选硬皮病关键基因并构建用于诊断硬皮病的ANN模型。使用验证数据集GSE76807、

GSE32413和GSE59785对模型进行验证，通过曲线下面积（Areaunderthecurve，AUC)分析评价ANN模型的

临床应用价值。用实时荧光定量PCR(Real-timequantitativePCR,RT-qPCR）验证关键基因mRNA相对表达

量。利用CIBERSORT算法预估硬皮病与筛选出的潜在生物标志物的生物信息学关联。最后用关键基因进

行靶向中药筛选。结果共获取差异基因167个。进一步通过机器学习筛选得到5个关键基因

（SERPINE2、SFRP4、SUGCT、FBLN5、NRXN2），并构建了ANN诊断模型。使用该模型绘制了训练组和验证

组诊断的受试者操作特征(Receiveroperatingcharacteristic,ROC）曲线，训练组AUC值为1.000。验证组AUC

为0.770.0.795及0.872。RT-qPCR验证结果与机器学习算法相一致。免疫细胞浸润分析显示硬皮病组记

忆CD4+T细胞激活相对含量明显增加，而正常组8T细胞的相对含量明显增加。关键基因与巨噬细胞M1、

T细胞、记忆激活CD4+T细胞、静息肥大细胞、CD8+T细胞等相关。根据关键基因筛选出12味中药，其四气

仑构建了硬皮病关键基因的

五味多属温、寒、平，甘、辛、苦，多归肝、脾、肺经，功效多为补虚祛风湿药。结论

人工神经网络诊断模型，可用于临床诊断硬皮病，并预测出了潜在治疗硬皮病的靶向中药，为探索其发病机

制和治疗方向提供了一个新视角。

关键词：硬皮病人工神经网络免疫细胞浸润机器学习中药预测

doi:10.11842/wst.20231227005中图分类号：R392.12文献标识码：A

硬皮病又名系统性硬化病（Systemicsclerosis，染等方面的相互影响相关，但硬皮病的发病机制尚未

SSc）,是一种可以引起皮肤和其他器官纤维化的自身完全阐明[2-3]。因此,探索SSc的潜在分子机制,从而发

免疫性疾病,其作为一种最具破坏性的风湿病,皮肤现更有效的诊断技术和更可靠的分子标志物对于改

增厚或硬化是该病的一个显著特征。研究表明,硬善疾病的诊断和治疗是至关重要的。

皮病的发病机制可能与基因遗传、环境因素和病毒感目前西医对于SSc尚无特效的治疗手段，主要对

收稿日期：2023-12-27

修回日期：2024-05-21

国家自然科学基金委员会面上项目：低氧环境下温阳化浊通络方调控内皮细胞线粒体自噬和EndoMT改善SSc肺微血管损伤的

作用机制，负责人：下华；中原英才计划-中原科技创新领军人才项目（234200510006）：温阳化浊通络方治疗系统性硬化病的物质基础与作用

机制，负责人：