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蛋白质的疏水性预测通常根据gravy值来预测。GRAVY值的范围在2于-2之间，正值表明此蛋白为疏水性蛋白，负值表明为亲水蛋白。疏水性信息可被用于跨膜螺旋的预测，序列比对，得到同源蛋白实例：对GFAP人胶质纤维酸性蛋白（glialfibrillaryacidicprotein)进行结构与功能预测点击UniProGFAP命名与起源蛋白质属性注释OMIMISOFORM比对信息序列注释（特征）多态性，SNP位点全序列比对三维结构分析蛋白与蛋白相互作用数据库功能预测及家族注释Protsite数据库是基于对蛋白质家族中同源序列多重序列比对得到的保守性区域，这样区域通常与生物学功能有关，例如酶的活性位点、配体或金属结合位点等。因此，Prosite数据库实际上是蛋白质序列功能位点数据库。通过对Prosite数据库的搜索，可判断该序列包含什么样的功能位点，从而推测其可能属于哪一个蛋白质家族。Prosite数据库实际上包括两个数据库文件，一个为数据文件即Prosite，该文件给出了能进行匹配的序列及序列的详细信息。另一个为说明文件PrositeDoc，PrositeDoc说明文件中给出该序列模式的生物学功能及其文献资料来源。Prosite数据库使用正则表达式来表示序列模式，例如：[GSK]-F-x(2)-[LIVMF]-x(4)-[RKEQA]-x(2)-[RST]-x-[GA]-x-[KN]-P-x-T.这里，方括号中为可选残基，如第一个方括号[GSK]中3个残基中甘氨酸G、丝氨酸S和赖氨酸L中的任意一个均可出现。x(2)表示可以有两个任意残基。{}中列出不许出现的氨基酸。因此，序列片段GFxxLxxxxRxxRxGxKPxT是其中一种可能的模式。如何根据蛋白质位点和序列模式(二次数据库）来鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族？肽指纹图谱分析蛋白质基本参数，包括分子量、等电点、氨基酸残基组成、疏水性等
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