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用于蛋白质鉴定的两种基本的质谱分析技术1）MALDI-TOFMSMatrix-AssistedLaserDesorptionIonization/基质辅助激光解吸附离子化Time-Of-Flightmassspectrometry飞行时间PMF:peptidemassfingerprinting肽质量指纹谱MW:800-300,000SurfaceEnhancedLaserDesorption/Ionization表面增强激光解吸附离子化MW:2,000-50,0002）SELDI-TOFMS01TandemMS串连质谱技术MW:200-3,0003）MS/MS021）MALDI-TOFMS
（原理示意图）SourceLength=sField-freedriftzoneLength=DEd=0MicrochannelplatedetectorExtractiongrid(sourcevoltage-Vs)UV(337nm)Detectorgrid-VsPulsevoltageAnalyte/matrix用MALDI-TOFMS和数据库鉴定细菌蛋白GroELPMF肽质量指纹谱鉴定蛋白质例子Myoglobin
GLSDGEWQQVLNVWGKVEADIAGHGQEVLIRLFTGHPETLEKFDKFKHLKTEAEMKASEDLKKHGTVVLTALGGILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISDAIIHVLHSKHPGDFGADAQGAMTKALELFRNDIAAKYKELGFQGMyoglobin用胰蛋白酶限制酶切后产生的肽段
（从碱性氨基酸的羧基端切断）Myoglobin
GLSDGEWQQVLNVWGKVEADIAGHGQEVLIRLFTGHPETLEKFDKFKHLKTEAEMKASEDLKKHGTVVLTALGGILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISDAIIHVLHSKHPGDFGADAQGAMTKALELFRNDIAAKYKELGFQG胰蛋白酶酶切Myoglobin产生的肽段及其分子量1811.90 GLSDGEWQQVLNVWGK11606.85 VEADIAGHGQEVLIR21271.66 LFTGHPETLEK31378.83 HGTVVLTALGGILK41982.05 KGHHEAELKPLAQSHATK51853.95 GHHEAELKPLAQSHATK61884.01 YLEFISDAIIHVLHSK71502.66 HPGDFGADAQGAMTK8748.43 ALELFR9实际质谱分析所得的肽质量指纹谱GLSDGEWQQVLNVWGK01VEADIAGHGQEVLIR02LFTGHPETLEK03HGTVVLTALGGILK04KGHHEAELKPLAQSHATK05GHHEAELKPLAQSHATK06YLEFISDAIIHVLHSK07HPGDFGADAQGAMTK08ALELFR09EAM:能量吸收分子SELDI-TOFMS（原理示意图）SELDI-TOFMS分析使用的各种蛋白质芯片SELDI-TOFMA检测结果与处理实例：鼻咽癌病人血清标志物检测卵巢癌细胞培养液上清中分泌蛋白的SELDI-TOFMS检测分析2）MS/MS
串连质谱分析原理示意图限制酶切蛋白质为肽段EnzymaticDigestandFractionation第一步MS分离各个肽段
第二步MS对其中的一个肽段进行氨基酸序列分析MS/MS碰撞诱导解离CID中多肽分子结构中键断裂的多种可能性-HN-CH-CO-NH-CH-CO-NH-RiCH-R’biyn-iyn-i-1bi+1R”i+1i+1aixn-icizn-i控制CID过程中的能量，使多肽主要从最弱的键---肽键处断裂产生N-端b系列和C-端y系列肽段-HN-CH-CO-NH-CH-CO-NH-RiRi+1biyn-iyn-i-1bi+1串联质谱氨基酸序列分析例子
肽段SGFLEEDELK在理想条件下可生成的b、y系列离子S=serine87.08G=glycine57.05F=phenylalani
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