蛋白质分子设计课件.pptVIP

結構與功能的容忍度蛋白質結構及功能對殘基的替換有一定的容忍度，即結構與功能關係有一定的穩健度Fersht等替換了Barnase的所有內核殘基。結果表明23％的突變體保留了酶的活性Mathews及其合作者在溶菌酶內核中替換多至10個殘基。實驗證明多重取代的蛋白仍具有活性以及協同折疊這些結果說明不同的氨基序列具有相近的設計的結構第二節全新蛋白質設計特徵：全新蛋白質設計是另一類蛋白質工程，合成具有特異結構與功能的新蛋白質。根據所希望的結構及功能設計蛋白質或多肽的氨基酸序列蛋白質的全新設計蛋白質結構的從頭設計蛋白質功能的從頭設計取得的進展：血紅素結合蛋白、氧化還原活性蛋白質、DNA結合蛋白基於蛋白質的高分子材料中心問題：設計一個具有穩定及獨特的三維結構的序列克服的障礙：線性聚合鏈的構象熵採取的策略：1）使相互作用的強度與數目達到最大（理論基礎：分析已知結構的天然蛋白質中的二級結構單元）2）通過共價交叉連接減小折疊的構象熵一、蛋白質結構的從頭設計蛋白質工程蛋白質分子設計基於天然蛋白質結構的分子設計蛋白質設計原理蛋白質設計中結構與功能關係的研究天然蛋白質剪接全新蛋白質設計蛋白質的從頭設計蛋白質設計的目的為蛋白質工程提供指導性資訊探索蛋白質的折疊機理簡單蛋白質建築或骨架的從頭設計是研究蛋白質相互作用的類型及本質的很好途徑，為解決蛋白質折疊問題尋找定性和定量的規律蛋白質設計存在問題設計的蛋白質與天然蛋白質相比缺乏結構的獨特性極明顯的功能優越性設計的蛋白質有正確的形貌、顯著的二級結構及合理的熱力學穩定性，但三級結構的確定性較差按照改造部位的多寡分為三類：第一類為“小改”，可通過定位突變或化學修飾來實現；第二類為“中改”，對來源於不同蛋白的結構域進行拼接組裝；第三類為“大改”，即完全從頭設計全新的蛋白質（denovodesign）蛋白質分子設計的分類蛋白質的分子設計可分為兩個層次在已知立體結構基礎上所進行的直接將立體結構資訊與蛋白質的功能相關聯的高層次的設計工作在未知立體結構的情形下借助於一級結構的序列資訊及生物化學性質所進行的分子設計工作蛋白質分子設計程式蛋白質分子設計程式：各種蛋白質結構預測和分子設計程式按照蛋白質分子設計的層次分為序列分析、二級結構預測、同源蛋白質結構預測、蛋白質突變體結構預測、蛋白質的性能預測和蛋白質分子設計六個部分電腦模擬基因構建突變蛋白質產品功能分析蛋白質設計迴圈第一節基於天然蛋白質結構的分子設計蛋白質分子設計流程圖天然蛋白質蛋白質晶體學新蛋白質蛋白質三維結構結構與功能關係蛋白質突變體設計及結構預測幾何優化及蛋白質動力學研究結構分析與原先的結構比較蛋白質合成定位突變分離、純化及表徵蛋白質結構預測從資料庫輸入蛋白質分子設計大致涉及的幾個重要方面蛋白質來源：真菌、細胞、動物蛋白質和植物蛋白質篩選以及純化蛋白質需要測定它們的序列、三維結構、穩定性、催化活性等蛋白質三維結構的判斷目前PDB(ProteinDataBank)已收集數以萬計個蛋白質晶體結構，但是通常蛋白質序列的數目比蛋白質三維結構的數目大100倍。1、對於已知三維結構的蛋白質：根據PDB中三維結構對蛋白質進行設計2、對於位置三維結構的蛋白質：如果PDB中沒有收錄又未見文獻報導，我們需要通過蛋白質X射線晶體學及NMR方法測定蛋白質的三維結構，或者通過結構預測的方法構建該蛋白質三維結構模型電腦模擬技術在蛋白質設計迴圈中佔有重要位置。建立蛋白質三維結構模型，確立突變位點或區域以及預測突變後的蛋白質的結構與功能對蛋白質工程是至關重要的專一性突變產物是蛋白質設計成敗的關鍵。一些新技術，如PCR及自動化技術的發展使各種類型的基因工程變得快速、容易二、蛋白質設計原理①內核假設。所謂內核是指蛋白質在進化中保守的內部區域。在大多數情況，內核由氫鍵連接的二級結構單元組成②所有蛋白質內部都是密堆積(很少有空穴大到可以結合一個水分子或惰性氣體)，並且沒有重疊。③所有內部的氫鍵都是最大滿足的(主鏈及側鏈)④疏