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生物信息学介绍

生物信息学：

●存储、修复、分析、整合生物数据的学科

●分子生物学与信息技术的结合体

●研究材料与结果：各种生物学数据

●·研究工具：网络、计算机

·包括生物学和计算两部分

●现代生物研究的核心

●研究方法：

-传统生物学：实验—→理论

-现代生物学：理论—→实验验证

●基因和生命的关系：中心法则

基因传递遗传信息(转录),并由蛋白质表达，构成

有机体，完成生命的功能

DNA—→mRNA—→蛋白质

·蛋白质组(蛋白质protein与基因组genome的杂合)

一种基因组所表达的全套蛋白质，即一种细胞至一种生

物所表达的全部蛋白质

·蛋白质组学：从蛋白质组的水平研究认识生命活动

的机理和疾病发生的分子机制

·人类基因组计划(HumanGenomePROJECT,HGP)

1986年AmericianRenstoDulbecco《Science》

阐明人类基因组的全部核苷酸序列，从整体上破译人类

遗传信息，在分子水平全面认识自我

近期任务

●大规模基因组测序中的信息分析

●新基因和新SNPS(单核苷酸多态性)的发

现与鉴定

·完整基因组的比较研究

●大规模基因功能表达谱的分析

●生物大分子的结构模拟与药物设计

远期任务

●读懂人类基因组，发现人类遗传语言的

根本规律，从而阐明若干生物学中的重

大自然哲学问题，像生命的起源与进化

等。这一研究的关键和核心是了解非编

码区

-非编码区信息结构分析

遗传密码起源和生物进化的研究

生物学世纪的重大生物学课题

●生命是什么:生物系统运作机理的更深入探索

·基因组中的信息：读懂ACGT序列

●氨基酸序列如何编码蛋白质的特性与活性

-蛋白质的结构和功能预测

·蛋白质怎样实现细胞和有机体的动力学：

-生命为什么是蛋白质的运动方式

·个体发育和系统发育的法则和机理：

-肌体如何长成、运作、衰老和进化

·征服疾病：

-主要循环系统疾病、癌症、病毒源性疾病、遗传病和衰老

●保护和利用生物资源，开发和发展生物产业：

-生物学怎样造福人类

现在进行的研究

·序列比对

-系列两两比对

-多系列比对

·基因组数据分析

序列拼接：通过计算分析从EST库拼接出完整的新基因，

即“电子克隆”

新基因发现：根据编码区具有的序列特征等通过计算分

析从DNA序列中确定基因编码区

序列同源比较：

Smith-Waterman算法

FASTA

BLAST算法

●大规模基因表达谱数据分析

重复序列分析

编码区统计特征分析

启动子分析内含子/外显子剪接位点

翻译起始位点和翻译终止信号

tRNA基因识别

DNA序列自身编码特征分析

基因组组织结构和信息结构

不同物种、不同进化水平的生物的相关

基因之间进行比较

·蛋白质结构和功能的预测分析

-蛋白质家族保守序列寻找

-从氨基酸组成辨识蛋白质

-蛋白质二级结构预测

-蛋白质的三维结构

-蛋白质的物理性质预测

-其他特殊局部信息：其它特殊局部结构包括

膜蛋白的跨膜螺旋、信号肽、卷曲螺旋

(CoiledCoils)等，具有明显的序列特征和结

构特征，也可以用计算方法加以预测

·cDNA芯片相关的数据管理和分析

实验室信息管理系统

基因表达公共数据库

·分子进化

研究分类

·序列分析

·不基于序列的研究

-生物芯片的基因表达谱分析

-全基因组关联分析

-基因调控网络的反向工程研究

数据挖掘技术在生物信息学的应用

●异质、分布式基因组数据的语义综合

·DNA序列的相似性查找和比较

·关联分析：识别基因序列的共发生性

●·路径分析：在疾病发展的不同阶段的相

关基因

·可视化工具和基因数据分析

·KDD2001年BIOKDD的主题就是“生物信息