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一、名词解释:
聚合酶链式反应
是模拟DNA的复制过程,在体外特异性扩增DNA片段的方法,从而获得大量的同一序列DNA。
质粒
存在于许多细菌以及酵母菌等生物中,是细胞染色体外能够自主复制的很小的环状DNA分子。
星号活性
在非理想的条件下,内切酶切割与识别位点相似但不完全相同的序列,这一现象称星号活性。有人提出,这种星号活性可能是内切酶的一种普遍特性
(1)如果提供给相应反应条件,所有内切酶都会出现非特异性切割。
限制性内切酶
可以识别DNA的特异序列,并在识别位点或其周围切割双链DNA的一类内
切酶,简称限制酶。
转化
是某一基因型的细胞从周围介质中吸收来自另一基因型的细胞的DNA而使它的基因型和表现型发生相应变化的现象。该现象首先发现于细菌。
转化子
受体菌直接吸收了来自供体菌的DNA片段,通过交换,把它组合到自己的基因组中,从而获得供体菌部分遗传性状的现象转化后的受体菌,称转化子transformant
重组子
两个突变位点之间可发生交换产生野生型的最小单位,即不能由重组分开的基本单位。
重组子(recombinant)另一定义是指,含有重组DNA分子的转化细胞。
感受态细胞
细胞经过一些特殊方法(电击法、CaCl2法、RbCl(KCl等化学试剂法)的处理后,细胞膜的通透性发生了暂时性的改变,成为能允许外源DNA分子进入的细胞即感受态细胞(Componentcells)。
深刻理解和掌握碱裂解法提取质粒DNA的原理,以及溶液I、溶液II和溶液III的主要成分及其在实验中所起的作用。为何出现较多的RNA污染,如何解决RNA污染的问题?
(碱裂解可以利用变性和复性的差异较有效地区分质粒和较大的DNA(如基因组DNA),但是不能区分同样是较小分子的RNA和质粒DNA,因为两者虽然有单链和双链的区别,RNA内部可形成二级结构,但是他们的分子量差异不大,变性和复性行为上没有差异。加入RNA酶可水解RNA污染。)
基本原理
质粒的分离是利用质粒DNA与染色体DNA在变性与复性中的差异来达到的目的。
当菌体在NaOH和SDS溶液中裂解时,蛋白质与DNA发生变性,由于染色体DNA与质粒DNA拓朴构型不同,染色体DNA双螺旋结构解开,而共价闭环质粒DNA的氢键虽被断裂,但两条互补链彼此相互盘绕仍会紧密地结合在一起。当加入中和液后,溶液pH调恢复至中性,在高盐浓度的情况下,染色体DNA之间交联形成不溶性网状结构并与蛋白质-SDS复合物等形成沉淀;不同的是,质粒DNA复性迅速而准确,保持可溶状态而留在上清中。这样,通过离心可沉淀大部分细胞碎片、染色体DNA、RNA及蛋白质。除去沉淀后上清中的质粒可用酚氯仿抽提进一步纯化质粒DNA。
溶液Ⅰ:葡萄糖(50mmol/L)Tris·HCl(25mmol/L,pH8.0)EDTA(10mmol/L)
溶液Ⅱ:NaOH(0.2mol/L);SDS(1%,新鲜配制,常温保存)
溶液Ⅲ
溶液I低浓度的葡萄糖溶液使细胞处于低渗状态而细胞澎胀;葡萄糖的作用是增加溶液的粘度,减少抽提过程中的机械剪切作用,防止破坏DNA。EDTA的作用是螯合掉Mg2+、Ca2+等二价金属离子,防止DNA酶对质粒分子的降解作用。Tris?Cl能使溶菌液维持溶菌作用的最适PH范围。
SDS的作用:破坏细胞膜;解聚核蛋白并与蛋白质分子结合使之变性。
NaOH(pH12)的作用:破坏氢键,使DNA分子变性。
KAc与HAc组成,是pH值为5.5的高盐溶液。能中和溶液II的碱性,使DNA复性。K+会与SDS形成溶解度很低的盐并与蛋白质形成沉淀而除去。溶液中的染色体DNA也会与蛋白质-SDS形成相互缠绕的大分子物质,很容易与小分子的质粒DNA分离。
如何判断DNA酶切是否完全?若没有完全酶切,应如何改进实验。
取未酶切处理和酶切处理的DNA样在1.2%琼脂糖凝胶中电泳,与未酶切DNA电泳条带相比,酶切处理的DNA样品电泳速度较慢,条带滞后,则已完全酶切;若条带与未酶切处理条带一致,则完全没有酶切效果;若同时出现这样的两条带,则不完全酶切;
实验改进:影响酶切的因素:DNA的纯度、缓冲液中的离子强度、Mg2+等
可通过增加限制酶的用量,延长反应时间等措施以达到完全酶切。但应该注意的是,过多的酶量和过长的反应时间会造成非特异性的酶切
四、深刻理解和掌握蓝白斑筛选阳性重组子的原理。
蓝白斑筛选是重组子筛选的一种方法:是根据载体的遗传特征筛选重组子,如α-互补、抗生素基因等。现在使用的许多载体都带有一个大肠杆菌的DNA的短区段,其中有β-半乳糖苷酶基因(lacZ)的调控序列和前146个氨基酸的编码信息。在这个编码区中插入了一个多克隆位点(MCS),它并不破坏读框,但可使少数几个
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