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利用蛋白质-蛋白质相互作用的数据，蛋白质配偶的特性来分类蛋白质

对2709种公开发表的酵母菌Saccharomycescerevisiae的蛋白质之间的相互作用进行综合分析，建立了011538种蛋白质之间的2358种相互作用的02统一的大型网络。03

此方法正确地为72%的1393种有不止一个已知功能的配对者的特征化蛋白质推测了一个功能种类，也用来推测364种以前的未特征化的蛋白质的功能。02根据蛋白质的相互作用的配偶的已知功能把2709种可能的功能判归给蛋白质。01

通过这种方法，网络能准确的推测72%01的至少带有一个特征性配对者的1393种02特征性蛋白质。03

蛋白质从蛋白质相互作用推测Marcotte等人的推测YNR053CRNA处理/修饰(5/5)转录,细胞组建,核组建,RNA接合(5/5)mRNA转录,mRNA接合(e:3,p:1)BIR1细胞周期控制(2/4)-CNS1细胞张力(2/3)，蛋白质折叠(2/3)细胞组建,核组建(p:33)YGL161C小泡运输(2/3)，细胞膜融合(2/3)-YIP3小泡运输(3/3)-YMR322C细胞张力(3/3)-YPR105C小泡运输(2/3)-AIP2细胞极性(2/2)细胞组建,碳水化合物利用,碳水化合物代谢,新陈代谢,发酵;能量(e:2,p:4)DUO1有丝分裂(2/4)-EBS1碳水化合物新陈代谢(2/5)-

FPR4蛋白质合成(2/3)细胞组建，转录，核组建(e:1,two:2)GIP2有丝分裂(2/2)-ISA1蛋白质合成(2/2)氮硫利用,代谢,氮硫代谢(p:2)RDI1细胞极性(2/3)G-蛋白质(e:1)SMY2RNA接合(2/2)