生物信息学 分子进化与系统发育分析学习资料.pptVIP

系统发育分析软件介绍相关软件***********通过外类群来确定树根根bacteriaeukaryoteeukaryoteeukaryoteeukaryotearchaeaarchaeaarchaea有根树外类群无根树，有根树，外类群通过外类群来确定树根有根树外类群通过外类群来确定树根有根树外类群通过外类群来确定树根有根树eukaryoteeukaryoteeukaryoteeukaryotearchaeaarchaeaarchaea无根树无根树和有根树：潜在的数目#叶子无根树有根树31343155151056105945794510,395…30~3.58X1036~2.04X1038叶子增多，计算量急剧增加，因此，目前算法都为优化算法，不能保证最优解多序列比对（自动比对，手工校正）选择建树方法以及替代模型建立进化树进化树评估系统发育树重建分析步骤1.最大简约法(maximumparsimony,MP)适用序列有很高相似性时2.距离法(distance)适用序列有较高相似性时3.最大似然法(maximumlikelihood,ML)可用于任何相关序列集合计算速度：距离法最大简约法最大似然法系统发育树重建的基本方法1.可靠的待分析数据2.准确的多序列比对3.选择合适的建树方法：A.序列相似程度高，MP首先B.序列相似程度较低，ML首先C.序列相似程度太低，无意义4.一般采用两种及以上方法构建进化树，无显著区别可接受构建进化树的一般原则选择一个或多个已知与分析序列关系较远的序列作为外类群;外类群可以辅助定位树根;外类群(Outgroup)bacteriaoutgroupeukaryoteeukaryoteeukaryoteeukaryotearchaeaarchaeaarchaea外类群eukaryoteeukaryoteeukaryoteeukaryotearchaeaarchaeaarchaea最快的ML建树工具http://atgc.lirmm.fr/phyml/PHYML基于贝叶斯方法的建树工具/MrBayes商业软件，集成的进化分析工具

/PAUP软件说明PHYLIP免费的、集成的进化分析工具/phylip.htmlMEGA图形化、集成的进化分析工具，不包括ML/??MAC5基于贝叶斯方法的建树工具/software/mac5/序列分析的综合工具?/BioEdit/bioedit.htmlBioEdit软件说明ClustalX图形化的多序列比对工具;构建N-J系统树http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/GeneDoc多序列比对结果的美化工具（可以导入fasta格式的文件，作图可用于发表）/biomed/genedoc/TreeView进化树显示工具http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html************************分子进化与系统发育分析TreeofLife重建所有生物的进化历史并以系统树的形式加以描述生物进化理论达尔文进化论：进化：遗传的变异自然选择：解释为何演变发生的机制中性进化论：并非所有种群中保留下来的突变都由自然选择所形成；大多数突变是中性或接近中性，不妨碍种群的生存与繁衍。研究生物进化历史的途径1.最确凿证据是：生物化石！——零散、不完整2.比较形态学、比较解剖学和生理学等：确定大致的进化框架——细节存很多的争议分子进化1964年，LinusPauling提出分子进化理论；从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。发生在分子层面的进化过程：DNA,RNA和蛋白质分子基本假