基于生物信息学探究NR1H4在慢性萎缩性胃炎及药物预测中的作.docx

基于生物信息学探究NR1H4在慢性萎缩性胃炎及药物预测中的作用

彭晓婷王文素何典城詹亚梅游绍伟

[摘要]?目的?通過生物信息学方法获得慢性萎缩性胃炎（chronic?atrophic?gastritis，?CAG）的差异基因，预测治疗CAG的小分子药物。方法?通过基因表达综合（Gene?Expression?Omnibus，GEO）数据库获取2份CAG芯片（GSE27411、GSE116312）基因表达样本，利用R语言筛选出CAG差异表达基因，获得CAG免疫相关基因进行基因本体论（gene?ontology，GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto?Encyclopedia?of?Genes?and?Genomes，KEGG）分析。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein?interaction，PPI）网络，筛选出核心基因，进一步研究核心基因的免疫浸润，预测其小分子化合物，通过MOE2022进行分子对接，通过GEPIA2网站进行生存分析。结果?基于GEO数据库筛选出差异基因517个。GO富集分析发现主要涉及粒细胞趋化性、白细胞趋化性、中性粒细胞趋化性等生物过程。KEGG富集分析显示主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、核因子κB信号通路、白细胞介素-17信号通路。PPI网络筛选前6个核心基因即NR1H4、CCK、CCL20、CXCL1、LCN2、SAA1，通过相关验证，NR1H4作为核心基因。免疫细胞浸润分析结果显示中央记忆CD8?T细胞、效应记忆CD4?T细胞、γδT细胞、自然杀伤细胞、中性粒细胞等免疫细胞可能参与CAG的发生发展，而中性粒细胞与NR1H4呈正相关。分子对接显示柯里拉京、豆甾醇、栀子苷、桔皮素、鹅去氧胆酸、表没食子儿茶素-3-没食子酸酯6种小分子药物与NR1H4有较好的结合力。结论?本研究初步探讨CAG的潜在机制，NR1H4作为关键基因与中性粒细胞可能在CAG“炎-癌转化”进程中具有重要意义，可为CAG的“炎–癌转化”机制研究提供一定的参考依据。

[关键词]?慢性萎缩性胃炎；生物信息学；NR1H4；差异基因；免疫浸润

[中图分类号]?R573.32??????[文献标识码]?A????[DOI]?10.3969/j.issn.1673-9701.2024.04.002

Study?on?the?role?of?NR1H4?in?chronic?atrophic?gastritis?and?drug?prediction?based?on?bioinformatics

PENG?Xiaoting1，?WANG?Wensu2，?HE?Diancheng3，?ZHAN?Yamei4，?YOU?Shaowei3

1.The?Second?Clinical?Medical?College，?Guizhou?University?of?Traditional?Chinese?Medicine，?Guiyang?550002，?Guizhou，?China;?2.Department?of?Cadre?Healthcare，?the?Second?Affiliated?Hospital?of?Guizhou?University?of?Traditional?Chinese?Medicine，?Guiyang?550003，?Guizhou，?China;?3.Department?of?Gastroenterology，?the?Second?Affiliated?Hospital?of?Guizhou?University?of?Traditional?Chinese?Medicine，?Guiyang?550003，?Guizhou，?China;?4.Department?of?Pharmacy，?Guizhou?Provincial?Peoples?Hospital，?Guiyang?550002，?Guizhou，?China

[Abstract]?Objective?To?explore?the?differential?gene?expression?profile?and?small?molecule?drugs?for?chronic?atrophic?gastritis?（CAG）?by?bioinformatics?technology.?Methods?Two?gene?expression?samples?of?CAG?chips?（GSE27411，?GSE116312）?were?obtained?through?the?Gene?Expression?Synthesis?（GEO）?database，?screen?th