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生化与分子生物学

技术原理

第一章核酸的基本结构和性质一.基本的化学组成经不同程度水解可获得核酸各种组成部分核苷酸nucleotideNt核苷nucleosideNs碱基嘌呤purinePu嘧啶pyrimidinePy碱基三字符号AdeCytGuaThyUraNs单字符号(d)ACGTUNs,Nt,oligoNts中均为D-戊糖

碱基可异构化异构平衡仅H原子位置变化UV,NMR分析生理pH条件下,5种碱基99.99%以氨基与酮式存在。酮式烯醇式氨基亚胺

N-糖苷键C1与嘧啶N1连接C1与嘌呤N9连接oligo表示法polyU均聚物poly(dA-dT)交替排列poly(dA·dT)随机排列polyA·2polyU按1:2结合成复合物 (三链)

抗生素01第二信使02嘌呤霉素03细胞激动素04能源库05辅酶06

糖环的折叠形式构型(configuration)共价化合物中,各个原子在空间的相对排列关系。构型的改变涉及到共价键破坏核酸中核糖仅一种构型：β-D型构象(conformation)化合物内可以自由转动的单键上的原子或基团,绕单键旋转或随单键扭转,产生几种不同的空间排列形式。构象的改变并不伴随共价键的破坏

核酸中的核糖有多种构象核糖的五员环不处于一个平面，C1，，O，和C4’三个原子在一个平面上，C2’或/和C3’偏离此平面，使核糖产生不同的构象。?内式构象(endo)偏离平面的方向和C5’同向?外式构象(exo)偏离平面的方向和C5’反向

信封式(Envelope,E)糖环的C2’或C3’1个原子偏离平面的折叠C2’-exo(E2)C3’-exo(E3)外式C2’-endo(2E)C3’-endo(3E)内式侧视图

2.扭转式(Twist,T)糖环的C2’和C3’两个原子都偏离糖平面,而且取方向相反的折叠。两个原子偏离糖平面的程度可以相等或不等C2’-endo-C3’-exoC2’-exo-C3’-endo侧视图

?存在溶液:Nt,NsC2’-endo~C3’-endoDNA:B-DNAC2’-endoA-DNA(RNA)C3’-endoZ-DNA胞苷(C)C2’-endo(反式）鸟苷(G)C3’-endo（顺式）

(A-formdoubleDNA)(B-formdoubleDNA)

核苷的顺反构象(syn-anti构象)核糖和碱基以N-糖苷键连接成核苷，核苷中碱基平面绕糖苷键旋转形成核苷的顺反构象。扭转角决定核苷的构象?存在溶液:顺反式可互换结晶:顺反式不可互换

AC2’-endoC3’-endoB

核酸的修饰成分及甲基化1948年小牛胸腺DNA分离m5dC特点:?原有成分的衍生物?含量少(百分之几~万分之几)?主要化学键不变

修饰碱基60余种UraAdeGuaCytThy 171262?碱基上原子被其他基团取代mpom……?AA衍生物Base-CO-NH-AA?糖衍生物Base-CH2OH-糖(6C)?非嘌呤,嘧啶衍生物(tRNA)

W异丙烯GuatRNAanticodon3’邻位Q7-去N-GuatRNAanticodon摆动位

2010203假尿苷ψ(tRNArRNA)C5-C1’糖苷键3.糖苷键不同RNAC2’-OH甲基化(Nm)抗水解(Rnase,[OHˉ])二聚体NmpNp2.修饰核糖m1Am7GCmΨmm2Gm3G4.修饰符号

a.RNA~70?mRNA(hnRNAmRNA)分布01分子内:m6Am5C?rRNA原核m5C真核NmmNΨ高度