核苷酸序列分析.pptVIP

Spidey

/IEB/Research/Ostell/Spidey/可对cDNA或EST序列分析NCBI开发，基于BLAST和DotView局部比对算法优势在于能同时将多条mRNA/cDNA或EST序列与基因组序列进行比对第31页，共67页，星期日，2025年，2月5日输入基因组序列Z83819输入序列:AF166326AF166327第32页，共67页，星期日，2025年，2月5日第33页，共67页，星期日，2025年，2月5日选择性剪切（Alternativesplicing）分析核苷酸序列分析GeneStructure第34页，共67页，星期日，2025年，2月5日选择性剪切（Alternativesplicing）分析选择性剪接是调控基因表达的重要机制了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制分析方法：查询选择性剪切相关的网站多序列比对第35页，共67页，星期日，2025年，2月5日查询选择性剪切相关的网站http://www.ebi.ac.uk/asd/index.html综合http://splicenest.molgen.mpg.de/综合/new_alt_exon_db2/综合5/AsMamDB/哺乳动物/tigr-scripts/tgi/splnotes.pl?species=human.tw/.au/altExtron人/~kent/intronerator/altsplice.html线虫/index.jsp植物/tdb/e2k1/ath1/altsplicing/splicing_variations.shtml拟南芥核苷酸序列分析GeneStructure从已知基因的功能推测剪切机制第36页，共67页，星期日，2025年，2月5日分析EST序列的选择性剪切Seq1ATGGGAAACTGGGTGGTTAACCACTGGTTTTCAGTTTTGTTTCTGGTTGTTTGGTTAGGGCTGAATGTTTTCCTGTTTGTGGATGCCTTCCTGAAATATGAGAAGGCCGACAAATACTACTACACAAGAAAAATCCTTGGGTCAACATTGGCCTGTGCCCGAGCGTCTGCTCTCTGCTTGAATTTTAACAGCACGCTGATCCTGCTTCCTGTGTGTCGCAATCTGCTGTCCTTCCTGAGGGGCACCTGCTCATTTTGCAGCCGCACACTGAGAAAGCAATTGGATCACAACCTCACCTTCCACAAGCTGGTGGCCTATATGATCTGCCTACATACAGCTATTCACATCATTGCACACCTGTTTAACTTTGACTGCTATAGCAGAAGCCGACAGGCCACAGATGGCTCCCTTGCCTCCATTCTCTCCAGCCTATCTCATGATGAGAAAAAGGGGGGTTCTTGGCTAAATCCCATCCAGTCCCGAAACACGACAGTGGAGTATGTGACATTCACCAGCATTGCTGGTCTCACTGGAGTGATCATGACAATAGCCTTGATTCTCATGGTAACTTCAGCTACTGAGTTCATCCGGAGGAGTTATTTTGAAGTCTTCTGGTATACTCACCACCTTTTTATCTTCTATATCCTTGGCTTAGGGATTCACGGCATTGGTGGAATTGTCCGGGGTCAAACAGAGGAGAGCATGAATGAGAGTCATCCTCGCAAGTGTGCAGAGTCTTTTGAGATGTGGGATGATCGTGACTCCCACTGTAGGCGCCCTAAGTTTGAAGGGCATCCCCCTGAGTCTTGGAAGTGGATCCTTGCACCGGTCATTCTTTATATCTGTGAAAGGATCCTCCGGTTTTACCGCTCCCAGCAGAAGGTTGTGATTACCAAGGTTGTTATGCACCCATCCAAAGTTTTGGAAT第37页，共67页，星期日，2025年，2月5日分析EST序列的选择性剪切BLAST搜索Seq1,发现它与多条NOX1基因高度相似，因此它可能是NOX1基因的选择性剪切产物第38页，共67页，星期日，2025年，2月5日分析EST序列的选择性剪切在ProSplicer网站搜索NOX1基因，结果表明NOX1基因有不同的选择性产物输入NOX1第39页，共67页，星期日，2025年，2月5日Output第40页，共67页