第七章分子系统发育分析 进化树.pptVIP

常用分子系统发育分析软件软件说明ClustalX图形化的多序列比对工具;构建N-J系统树http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/GeneDoc多序列比对结果的美化工具（可以导入fasta格式的文件，作图可用于发表）/biomed/genedoc/BioEdit序列分析的综合工具?/BioEdit/bioedit.htmlTreeView进化树显示工具http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html第六十二页，编辑于星期一：十七点二十八分。常用分子系统发育分析软件进化分析软件PHYLIP：由华盛顿大学遗传学系开发，是一个免费的系统发育分析软件包，可以通过以下地址下载，目前已更新至3.69版。/phylip.htmlPhylip包含了35个独立的程序，这些独立的程序都实现特定的功能，这些程序基本上包括了系统发生分析的所有方面。第六十三页，编辑于星期一：十七点二十八分。分子系统发育分析实例（实验三）第六十四页，编辑于星期一：十七点二十八分。第五章:基于特征的系统发生分析

第六十五页，编辑于星期一：十七点二十八分。分子系统发生分析主要分成三个步骤：（1）分子序列或特征数据的分析；（2）系统发生树的构造；（3）结果的检验。其中，第一步的作用是通过分析，产生距离或特征数据，为建立系统发生树提供依据。第六十六页，编辑于星期一：十七点二十八分。构成系统发生树的分子数据：特征数据基于特征的系统发生分析距离数据基于距离的系统发生分析关于进化关系的结论的一致性可以看作是对一棵系统发生树的正确性的积极认可。第六十七页，编辑于星期一：十七点二十八分。5.1简约法在生物学中，描述按照进化途径中突变事件最少的标准来优先选择一个进化途径的过程。两个简单假设：（1）突变是罕见事件；（2）一个模型引发了越不合理的事件，这个模型就越不可能是正确的。因此，突变最少的进化关系就越有可能是物种之间真实的进化关系。第六十八页，编辑于星期一：十七点二十八分。4个物种三种可能的无根树123413241423第六十九页，编辑于星期一：十七点二十八分。5.1.1信息位点和非信息位点根据信息内容可以分为：信息位点(informative):含有信息的位点信息位点就是指能由位点产生的突变数目把一棵树与其它树区分开来的位点;非信息位点(uninformative):不含有信息的位点不变位点(invariant):属于非信息位点，比较的所有序列都有同样的核苷酸。即每一棵描述所有序列间进化关系的树都有相同的突变数目(0)。第七十页，编辑于星期一：十七点二十八分。((1,2)(3,4))((1,3)(2,4))((1,4)(2,3))序列位点1位点2位点3位点4位点5位点61GGGGGG2GGGAGT3GGATAG4GATCAT图5.14条同源序列的比对（每条序列有6个核苷酸）6个位点构造4个物种之间进化关系的可能无根树不变位点第七十一页，编辑于星期一：十七点二十八分。序列位点1位点2位点3位点4位点5位点61GGGGGG2GGGAGT3GGATAG4GATCAT((1,2)(3,4))((1,3)(2,4))((1,4)(2,3))不变位点非信息位点第七十二页，编辑于星期一：十七点二十八分。序列位点1位点2位点3位点4位点5位点61GGGGGG2GGGAGT3GGATAG4GATCAT不变位点非信息位点非信息位点((1,2)(3,4))((1,3)(2,4))((1,4)(2,3))第七十三页，编辑于星期一：十七点二十八分。序列位点1位点2位点3位点4位点5位点61GGGGGG2GGGAGT3GGATAG4GATCAT不变位点非信息位点非信息位点非信息位点((1,2)(3,4))((1,3)(2,4))((1,4)(2,3))