生物信息学讲义序列特征分析.ppt

PromoterScan在线网页第30页，共84页，星期日，2025年，2月5日用PromoterScan预测AC002390序列的启动子区域的结果第31页，共84页，星期日，2025年，2月5日五、密码子偏好性密码子使用偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均匀使用现象。这一现象的产生与诸多因素有关，如基因的表达水平、翻译起始效应、基因的碱基组分、某些二核苷酸的出现频率、G+C含量、基因的长度、tRNA的丰度、蛋白质的结构及密码子一反密码子间结合能的大小等。所以对密码子使用偏好性的分析具有重要的生物学意义。第32页，共84页，星期日，2025年，2月5日利用CodonW分析密码子偏好性CodonW是美国DEC公司开发的对密码子的使用进行分析的免费的软件工具。此软件是建立在大量的统计学分析的基础上，为了简化在线分析的复杂性而开发的，它可以在Windows环境下运行，并且可以同时处理2000条以上的序列。通过对DNA或RNA序列的分析，CodonW会产生关于密码子使用的相关指标的统计学分析的数据，我们可以利用这些数据对我们所要了解的序列进行分析。其下载网址为：ftp://molbiol.ox.ac.uk/cu/codonW.tar.Z。第33页，共84页，星期日，2025年，2月5日CodonW1.4主菜单的操作页面第34页，共84页，星期日，2025年，2月5日11个密码子使用的指标序号全称缩写1234567891011CodonAdaptationIndexFrequencyofOptimalCodonsCodonBiasIndexTheeffectivenumberofcodonsG+CcontentofthegeneG+Ccontentat3rdpositionofsynonymouscodonsSilentbasecompositionNumberofsilentsitesandaminoacidsHydrophobicityofproteinAromaticityscoreCAIFopCBIENcG+CGC3sLSilLAAGRAVYAromo第35页，共84页，星期日，2025年，2月5日waxy基因的序列序号Genebank登陆号物种基因功能1234567AY094405AF486514X03935X62134X88789U23945X57233ArabidopsishalianaHordeumvulgareZeamaysO.sativaP.sativumSorghumbicolorWheatgranuleboundstarchsynthaseImRNAgranuleboundstarchsynthaseImRNAglucosyltransferasegranuleboundstarchsynthaseImRNAmRNAforstarchsynthasegranule-boundstarchsynthaseprecursor(Wx)mRNAwaxymRNAforgranule-boundstarchsynthase第36页，共84页，星期日，2025年，2月5日用CodonW分析waxy基因所得的RSCU值和个数第37页，共84页，星期日，2025年，2月5日第三节蛋白质序列特征分析Section3AnalysisofProteinSequenceCharacteristics蛋白质是组成生物体的基本物质，是生命活动的主要承担者，一切生命活动都与蛋白质有关。虽然遗传信息的携带者是核酸，但遗传信息的传递和表达不仅要在酶的催化之下，并且也是在各种蛋白质的调节控制下进行的。因此，分析处理蛋白质序列数据的重要性并不亚于分析DNA序列数据。蛋白质的生物功能由蛋白质的结构所决定，因此在研究蛋白质的功能时需要了解蛋白质的空间结构。第38页，共84页，星期日，2025年，2月5日目前，一种基本认可的假设是：蛋白质的空间结构由蛋白质序列所决定，即我们可以根据蛋白质序列预测蛋白质结构，这是第二遗传密码的问题，也是一个更为复杂的问题，因为蛋白质序列和蛋白质空间结构之间的关系要比DNA序列和蛋白质序列之间的关系复杂得多。因此我们需要分析大量的数据，从中找出蛋白质序列和蛋白质结构间存在的关系和规律。第39页，共84页，星