染色体复杂结构变异介导酿酒酵母定向进化.pdfVIP

摘要

酿酒酵母作为一种真核模式生物，是研究基因组进化的重要底盘细胞，酿

酒酵母基因组的人工设计与全合成（Sc2.0）计划，通过在合成型染色体引入

LoxPsym位点，形成合成型染色体介导的基因组重排（SCRaMbLE）系统，可

以驱动合成染色体快速和复杂的结构变异（SVs），为酵母基因组定向进化提

供了有效工具。然而目前对于基因组复杂结构变异改变菌株表型性状的分子机

制还需要深入研究，如何利用基因组复杂结构变异实现菌种定向进化提高目标

分子以及研究菌株生殖进化具有重要价值。本文重点开展了以下三方面研究：

针对复杂结构变异如何影响染色体的结构与功能，首先利用含有两条合成

型染色体（synVsynX）的酿酒酵母，结合SCRaMbLE技术，产生并获得具有

复杂结构变异（跨着丝粒反转和染色体间交换）且虾青素产量提高到2.69mg/g

DCW的菌株。其次，通过转录组测序（RNA-Seq）和高通量全基因组染色体构

象捕获（Hi-C）技术，揭示结构变异形成了新的相互作用，改变了染色体三维

结构，同时改变了断点附近基因的表达。最后，通过合理的设计，开发出精确

可控的引入复杂结构变异的技术，可以实现任意两个位点发生交换或者反转，

为定向基因组进化及研究复杂结构变异与表型的关系提供了高效工具。

针对基因组结构变异与核苷酸变异如何协同作用实现酵母基因组定向进化，

基于自然界基因组进化的遗传多态性包括核苷酸变异（Nucleotidevariations）和

结构变异（SVs），协同结合核苷酸变异和结构变异（Combiningnucleotide

variationsandstructurevariations,CNAS）的定向进化提高虾青素菌株产量，该过

程同时使用SCRaMbLE系统和ARTP诱变，可以在基因组上同时产生结构变异

和核苷酸变异，使虾青素产量提升了2.2-7.0倍，产量最高为4.26mg/gDCW。

该方法的开发可以优化工业应用的底盘细胞，有助于理解进化过程中基因型和

表型之间的关系。

针对基因组复杂结构变异（染色体间大片段交换）对酵母菌种的生殖进化

有何影响，首先通过对SCRaMbLE产生的染色体间交换菌株与野生型菌株融合

拆孢，发现部分后代孢子由于继承了一组不平衡染色体而不能存活，证实染色

体间交换在生殖隔离早期的重要作用。同时本研究建立了精确可控的引入复杂

结构变异的技术，可以实现合成型染色体V号和X号任意两个位置的交换，人

工构建出16种分别在合成型V号和X号染色体上近端粒以及近着丝粒交换的菌

株，通过融合拆孢研究解析了三种交换类型的菌株在减数分裂过程中的规律。

综上所述，本文解析了基因组结构变异与功能的关系，建立了基因组结构

变异与核苷酸变异协同进化酵母的方法，探究了染色体间大片段交换对酵母菌

种生殖进化的作用，为酵母基因组定向进化研究提供了新思路和新技术。

关键词：基因组重排，结构变异，基因组定向进化，合成型染色体，生殖隔

离，合成生物学

ABSTRACT

Saccharomycescerevisiaeisanimportanteukaryoticmodelorganismforthestudy

ofgenomeevolution.Inthesynthesisofyeastgenomesproject(SC2.0),hundresof

LoxPsymsiteswereintroducedintothesyntheticchromosomes,whichcouldbeused

forgenomerearrangement(SCRaMbLEsystem).Thissystemcandrivetherapidand

complexstructuralvariations(SVs),providinganeffectivetoolforthedirected

evolutionoftheyeastgenome.However,themolecularmechanismofcomplex

structuralvariationingenomechangingphenotypic