芸苔属植物RRM HD-tuins蛋白鉴定与分析.pdfVIP

第46卷第3期淮北师范大学学报（自然科学版）Vol.46No.3

2025年9月JournalofHuaibeiNormalUniversity(NaturalSciences)Sep.2025

芸苔属植物RRMHD-tuins蛋白鉴定与分析

a，baaaa，b

兰蔚，徐燕铃，万卫娜，薛苗，薛建平①

（淮北师范大学a.生命科学学院，b.安徽省特色资源植物高效利用工程实验室，安徽淮北235000）

摘要：为探究芸苔属植物中是否普遍存在具有RRM结构域HD-tuins蛋白（RRMHD-tuins蛋白），通过同源比

对和保守结构域分析，从芸苔属植物小白菜、大白菜、芥菜、油菜和甘蓝基因组中分别鉴定得6、5、5、7、8个HD-

tuins家族成员；通过RRM结构域分析，确定各个物种中分别有2、1、1、1、2个RRMHD-tuins蛋白；通过生物信息

学分析RRMHD-tuins基因启动子顺式作用元件和结合转录因子，以及其编码蛋白的亚细胞定位、三维结构和

磷酸化修饰位点等。结果表明：RRMHD-tuins基因表达可能受光、SA、ABA等因素和ERF、MYB、NAC等转录因

子调控；RRMHD-tuins蛋白可能定位于叶绿体，其三维结构形似“节奏沙球”，且以丝氨酸为主要磷酸化修饰位

点。研究为揭示HD-tuins蛋白功能多样性提供理论依据，也为探究叶绿体等细胞器蛋白去乙酰化修饰提供重

要候选去乙酰化酶。

关键词：芸苔属；RRMHD-tuins蛋白；系统进化树分析；上游调控因子预测；三维结构预测；磷酸化位点预测

中图分类号：Q94文献标志码：A文章编号：2095-0691（2025）03-0025-08

0引言

组蛋白乙酰化修饰是重要表观遗传机制之一，分别由组蛋白乙酰转移酶（histoneacetyltransferase，

HATs）和组蛋白去乙酰化酶（histonedeacetylase，HDACs）协同调控组蛋白乙酰化修饰水平，从而调控基

［1］

因表达。然而，除组蛋白乙酰化修饰外，近年来也有研究报道组蛋白去乙酰化酶AtHDA9参与调控转录

［2］

因子AtWRKY53蛋白序列的乙酰化修饰。可见，关于乙酰化修饰研究还远远不够。

HDACs广泛分布于真核生物，其中植物HDACs可分为3个亚家族，分别是RPD3-like亚家族

（reducedpotassiumdependency3subfamily）、HD-tuins亚家族（histonedeacetylase2subfamily）和Sirtuin

［3］

亚家族（silentinformationregulator2subfamily）。HD-tuins家族（又称HD2家族）是植物特有去乙酰化

［4-5］

酶家族，与其他HDAC家族成员完全不同。该家族成员N端含NPL结构域（nucleoplasmin-like

domain），其具有保守基序MEFWG（HD2基因标签）和第25位组氨酸残基（H（25）），是该家族特有序列，也

［6-8］

是其行使去乙酰化修饰关键序列。HD-tuins蛋白根据C端是否含锌指结构域进一步分为2个亚组：含

［8］

锌指结构域属于Group1，不含锌指结构域属于Group2。然而，有趣的是本实验室前期研究发现芸苔属

小白菜（Brassicarapassp.Chinensis）个别HD-tuins蛋白C端含有RNA结合功能的RRM结构域（RNA

recognitionmotifdomain）。其在RNA代谢过程（包括前体RNA剪接、RNA稳定性、RNA多聚腺苷化、转录