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湖南2025自考[智能分子工程]分子模拟与计算考前冲刺练习题

一、单选题（共10题，每题2分，共20分）

1.在分子动力学模拟中，截断半径的选择主要考虑以下哪项因素？

A.系统温度

B.周期性边界条件的影响

C.计算资源限制

D.分子间作用力的类型

2.分子力场中，Lennard-Jones势能函数主要用于描述哪种相互作用？

A.静电相互作用

B.离子键相互作用

C.范德华力

D.共价键相互作用

3.在分子模拟中，NVT系综主要用于控制系统的什么性质？

A.体积和温度

B.压力和温度

C.能量和体积

D.压力和能量

4.模拟盒子采用周期性边界条件的主要目的是什么？

A.减少计算时间

B.模拟真实空间环境

C.避免粒子流失

D.简化边界条件处理

5.分子动力学模拟中，温度的控温方法通常采用哪种算法？

A.Berendsen系综

B.Nosé-Hoover系综

C.Langevin算法

D.MonteCarlo方法

6.分子力学能垒的搜索通常采用哪种方法？

A.梯度下降法

B.随机搜索法

C.分子动力学模拟

D.蒙特卡洛方法

7.在分子对接中，常用的评分函数是哪种？

A.GROMOS

B.AutoDock

C.CHARMM

D.AMBER

8.分子动力学模拟中，时间步长的大小主要受什么因素限制？

A.系统温度

B.计算精度

C.粒子数量

D.力场参数

9.分子模拟中，压力的控压方法通常采用哪种系综？

A.NVE系综

B.NVT系综

C.NPT系综

D.NPTN系综

10.在分子模拟中，构象采样的目的是什么？

A.获得系统最低能量状态

B.模拟真实系统行为

C.计算系统熵值

D.优化力场参数

二、多选题（共5题，每题3分，共15分）

1.分子动力学模拟中，常见的边界条件包括哪些？

A.直角盒子

B.三角形盒子

C.周期性边界条件

D.表面边界条件

E.无边界条件

2.分子力场中，常见的力场参数包括哪些？

A.Lennard-Jones参数

B.截断半径

C.倒数质量矩阵

D.静电常数

E.振动频率

3.分子模拟中，常用的系综包括哪些？

A.NVE系综

B.NVT系综

C.NPT系综

D.NPTN系综

E.NPTV系综

4.分子对接中，常用的评分函数类型包括哪些？

A.互补性评分函数

B.接触评分函数

C.结合能评分函数

D.范德华力评分函数

E.静电相互作用评分函数

5.分子动力学模拟中，常见的误差来源包括哪些？

A.截断效应

B.时间步长过大

C.力场不精确

D.周期性边界条件的影响

E.系统温度波动

三、判断题（共10题，每题1分，共10分）

1.分子动力学模拟可以精确模拟所有类型的分子系统。（×）

2.分子力场中，Lennard-Jones势能函数可以描述所有类型的分子间相互作用。（×）

3.NVT系综可以同时控制系统的温度和体积。（√）

4.周期性边界条件可以消除系统边界效应。（√）

5.分子对接中，常用的评分函数可以完全预测结合能。（×）

6.分子动力学模拟中，时间步长越小，计算结果越精确。（×）

7.分子力学能垒的搜索通常采用梯度下降法。（√）

8.分子模拟中，截断半径的选择对计算结果影响较大。（√）

9.分子对接中，常用的算法包括遗传算法和模拟退火算法。（√）

10.分子动力学模拟可以完全替代实验研究。（×）

四、简答题（共5题，每题5分，共25分）

1.简述分子动力学模拟的基本原理。

2.分子对接中，常用的约束条件有哪些？

3.分子模拟中，如何选择合适的力场？

4.分子动力学模拟中，常见的误差来源有哪些？如何减少误差？

5.分子模拟在药物设计中的应用有哪些？

五、计算题（共3题，每题10分，共30分）

1.某分子系统包含100个粒子，采用Lennard-Jones势能函数进行模拟，截断半径为2.5?，时间步长为1fs，模拟时间为1ns。假设系统温度为300K，试计算系统的总势能和动能。（假设系统处于平衡态，动能可近似为总能量的50%）

2.在分子对接中，某靶标口袋与配体分子的结合能评分函数为-ΔG=-ΔGbind-ΔGvdW-ΔGel，其中ΔGbind为结合能，ΔGvdW为范德华相互作用能，ΔGel为静电相互作用能。假设ΔGbind=-8.5kcal/mol，ΔGvdW=-5.2kcal/mol，ΔGel=-3.3kcal/mol，试计算该配体的结合能。

3.某分子系统采用NVT系综进行模拟，系统温度为300K，体积为1000?3，粒子数为100