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巴戟天蔗糖合酶基因家族的转录组测序鉴定与生物信息学探究
目录
概述与目的．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2
1.1.1巴戟天经济价值与应用现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.1.2蔗糖合酶的功能及其在植物糖代谢中的作用．．．．．．．．．．．．．．．6
1.1.3转录组测序技术的发展及其优势．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
1.2研究目的．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
1.2.1鉴定巴戟天蔗糖合酶基因家族成员．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
1.2.2分析该基因家族的序列特征与系统进化．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
1.2.3探究该基因家族在不同组织及逆境下的表达模式．．．．．．．．．．19
材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
2.1转录组数据来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
2.1.1样本采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
2.1.2RNA提取与测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
2.2生物信息学分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
2.2.1基因组数据库下载与组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
2.2.2蔗糖合酶基因的鉴定策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
2.2.3基因序列的特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
2.2.4系统发育关系构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
2.2.5表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
3.1巴戟天蔗糖合酶基因家族的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
3.1.1基因家族成员数量．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
3.1.2基因的命名与位置分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
3.2基因序列的理化性质与结构特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
3.2.1蛋白质分子量和理论等电点．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48
3.2.2氨基酸组成与理化性质分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
3.2.3保守结构域与功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
3.3巴戟天蔗糖合酶基因家族的系统发育分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．55
3.3.1系统发育树构建结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．60
3.3.2与近缘物种基因的比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．62
3.4巴戟天蔗糖合酶基因家族的表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．65
3.4.1不同组织器官中的表达差异．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．66
3.4.2不同发育阶段的分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．69
3.4.3逆境胁迫下的表达响应．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．70
1.概述与目的
巴戟天蔗糖合酶基因家族的转录组测序鉴定与生物信息学探究是一项针对植物生物学领域的研究。该研究旨在通过高通量测序技术，对巴戟天的蔗糖合酶基因家族进行深入分析，以揭示其在植物生长发育过程中的作用机制。通过对巴戟天蔗糖合酶基因家族的转录组测序和生物信息学分析，研究人员期望能够为巴戟天的遗传改良、病虫害防治以及农业生产提供科学依据。此外该研究还旨在为其他植物中类似基因家族的研究提供参考和借鉴。
为了实现上述研究目标，本研究首先采用高通量测序技术对巴戟天的基因组进行测序，获取大量的基因序列数据。然后利用生物信
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