长链非编码RNA(lncRNA)在甘蓝型油菜分枝角度调控中的功能分析与预测.pdfVIP

作物学报ACTAAGRONOMICASINICA2025,51(3):559567/

ISSN0496-3490;CN11-1809/S;CODENTSHPA9E-mail:zwxb301@

DOI:10.3724/SP.J.1006.2025.44118

长链非编码RNA(lncRNA)在甘蓝型油菜分枝角度调控中的功能分析

与预测

孙程明周晓婴陈锋张维王晓东彭琦郭月高建芹

胡茂龙付三雄*张洁夫*

江苏省农业科学院经济作物研究所/农业农村部长江下游棉花与油菜重点实验室/江苏省现代作物生产协同创新中心,江苏南京

210014

摘要:分枝角度是影响油菜种植密度和机收效率的关键株型性状,适度紧凑的株型结构有利于提高油菜种植密

度、降低机收损失。本研究以2个分枝角度差异大的株系为材料,对抽苔期幼嫩分枝进行链特异性RNA-seq。分析

表明,6305个基因在2个株系间差异表达,包括FUL、SGR5、SGR6、SGR9、AXR1、ARG1、PIN1和PIN5等分枝角

度相关途径基因在油菜中的同源拷贝,GO富集通路包括色氨酸、生长素和磷脂酰肌醇等重力反应相关物质的合成、

代谢通路。基于转录组数据,鉴定了4467个在分枝中活跃表达的lncRNA,包括3460个lincRNA、778个lncNAT和

229个ilncRNA。50.3%的lncRNA包含转座子序列,其中Gypsy和Copia家族LTR逆转座子是2种主要插入类型。

分析发现,1713个lncRNA在2个株系间差异表达,比较与50个分枝角度关联位点的位置关系,37个差异lncRNA落

在26个关联位点的置信区间内。利用本研究和已公开的共计103份分枝转录组数据进行表达相关性分析,共鉴定了

17,782个lncRNA-基因间靶向关系,包括1003个lncRNA和4592个基因,靶向基因包括LAZY1、SGR5、FUL1、WRKY40

等分枝角度已知基因在油菜中的同源拷贝。本研究结果有助于解析lncRNA在油菜分枝角度调控中的作用,为今后

分子调控机制的研究奠定了基础。

关键词:甘蓝型油菜;株型;分枝角度;长链非编码RNA;转录组

Functionalanalysisandpredictionoflongnon-codingRNA(lncRNA)inthe

regulationofbranchangleinBrassicanapusL.

SUNCheng-Ming,ZHOUXiao-Ying,CHENFeng,ZHANGWei,WANGXiao-Dong,PENGQi,GUOYue,

**

GAOJian-Qin,HUMao-Long,FUSan-Xiong,andZHANGJie-Fu

InstituteofIndustrialCrops,JiangsuAcademyofAgriculturalSciences/KeyLaboratoryofCottonandRapeseed(Nanjing),MinistryofAgriculture

andRuralAffairs