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单分子视角下PreQ1-Ⅱ核糖开关折叠与结构动态性解析

一、引言

1.1研究背景与意义

在生命科学领域，RNA的研究一直是前沿热点，其中核糖开关（riboswitches）作为一类特殊的RNA调控元件，展现出独特且关键的生物学功能。核糖开关是位于信使RNA（mRNA）上的非编码区序列，能够折叠成特定构象，并通过构象改变响应体内代谢分子，进而调节mRNA转录，在基因表达调控中发挥着核心作用。其主要由感受外界配体的适体域（aptamerdomain，AD）和调控基因表达的表达平台（expressionplatform，EP）构成。当适体域与特定配体特异性结合后，会引发自身构象变化，这种变化进一步影响表达平台的构象，最终实现对基因表达的调控。

核糖开关在基因调节、代谢途径调控等方面有着不可或缺的地位。在基因调节过程中，它能够根据细胞内环境的变化，如小分子代谢物浓度、金属离子浓度等信号的改变，精确地调控基因的转录或翻译过程，确保细胞内基因表达的平衡与稳定。在代谢途径调控方面，核糖开关参与调控各种代谢途径，整合来自不同信号输入的信息，使得细菌等生物体能够根据环境变化动态调整代谢通量，以实现生长和生存的优化。比如在细菌中，核糖开关可以根据营养物质的可用性或代谢产物的浓度变化，调节相关基因的表达，从而控制代谢过程。这种精准的调控机制对于维持细胞的正常生理功能至关重要，一旦出现异常，可能会引发一系列生理问题，甚至导致疾病的发生。

PreQ1-Ⅱ核糖开关作为核糖开关家族中的重要成员，是一种上游mRNA元件，主要调控下游编码的奎诺糖（queuosine）生物合成修饰酶。奎诺糖是一种在tRNA中发现的稀有碱基，对tRNA的结构和功能稳定起着关键作用，进而影响蛋白质的合成过程。因此，PreQ1-Ⅱ核糖开关通过调控奎诺糖的生物合成，间接影响细胞内蛋白质的合成质量和效率，与细胞的生长、发育和代谢等基本生命活动密切相关。

从单分子水平研究PreQ1-Ⅱ核糖开关的折叠及其结构动态性具有重大意义。在分子层面，RNA的折叠过程是其行使功能的基础，研究PreQ1-Ⅱ核糖开关的折叠结构，能够深入了解其如何从线性RNA序列转变为具有特定三维结构的功能分子，揭示其在不同状态下的结构特征，有助于阐明其分子识别和调控机制。在动态行为研究方面，单分子技术能够捕捉到PreQ1-Ⅱ核糖开关在配体结合、环境变化等过程中的实时动态变化，这些动态信息对于理解其如何快速、准确地响应细胞内信号，实现基因表达的精准调控至关重要。这不仅有助于深入揭示RNA生物学机制，从微观层面丰富我们对生命过程中遗传信息传递和调控的认识，而且在实际应用中，为开发新型抗菌药物、构建合成基因电路以及发展RNA医学等领域提供了关键的理论基础和技术支持。例如，基于对PreQ1-Ⅱ核糖开关结构和动态性的了解，可以设计出能够特异性干扰其功能的小分子药物，用于治疗相关的细菌感染疾病；在合成生物学领域，利用其精确的调控特性构建更加高效、稳定的基因表达调控系统，为生物制药、生物传感器等应用提供新的思路和方法。

1.2研究现状

目前，对于核糖开关的研究已取得了一系列重要成果。在结构研究方面，通过X射线晶体学、核磁共振（NMR）等技术，科学家们已经解析了多种核糖开关的三维结构，明确了其适体域和表达平台的结构特征以及它们之间的相互作用方式。这些研究揭示了核糖开关在结合配体前后的结构变化规律，为理解其调控机制提供了重要的结构基础。在功能研究领域，大量实验表明核糖开关能够通过转录终止、翻译起始等多种方式实现对基因表达的调控。不同类型的核糖开关对特定的配体具有高度特异性，如维生素B12核糖开关能够特异性识别维生素B12，当维生素B12存在时，核糖开关的构象发生变化，从而调控相关基因的表达，以维持细胞内维生素B12的平衡。

对于PreQ1-Ⅱ核糖开关，已有研究初步探索了其与配体结合的特性以及对下游基因表达的调控作用。通过传统的生化实验方法，发现PreQ1-Ⅱ核糖开关与配体PreQ1结合后，会导致其RNA构象发生改变，进而影响下游奎诺糖生物合成修饰酶基因的表达。有研究关注到其3′-末端区域存在一个额外的茎-环结构，该结构紧邻Shine-Dalgarno序列上游，对配体结合态的形成具有重要贡献。然而，在单分子水平上对PreQ1-Ⅱ核糖开关的研究仍存在明显不足。传统研究方法大多基于群体平均测量，无法获取单个PreQ1-Ⅱ核糖开关分子在折叠和结构动态变化过程中的详细信息，例如无法准确了解单个分子在不同时间尺度下的折叠路径、折叠速率以及结构动态变化的具体过程，也难以揭示