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纤维素合成酶基因家族的鉴定与表达研究

目录

一、内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1.1植物纤维的营养价值与工业应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.1.2纤维素合成酶在植物发育与逆境响应中的作用．．．．．．．．．．．．．7

1.2国内外研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

1.2.1纤维素合成酶基因家族的基因组学分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

1.2.2纤维素合成酶基因的表达调控机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

1.3.1研究目标．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

1.3.2研究内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

二、纤维素合成酶基因家族的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

2.1研究材料与Methods．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

2.1.1植物材料的选择与基因组数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

2.1.2生物信息学分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

2.2纤维素合成酶基因的序列特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

2.2.1全长cDNA序列的获取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

2.2.2蛋白质结构域预测与功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

2.3纤维素合成酶基因家族成员的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

2.3.1基因家族成员的筛选与分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

2.3.2基因家族的系统发育分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

2.4纤维素合成酶基因的结构特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

2.4.1启动子区顺式作用元件的识别．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50

2.4.2编码区同源性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51

三、纤维素合成酶基因家族的表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54

3.1表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55

3.1.1各基因在不同组织中的表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．57

3.1.2各基因在不同发育阶段的表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．60

3.1.3各基因在不同环境条件下的表达模式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．62

3.2基于转录组的表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．68

3.2.1转录组测序数据的下载与预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．71

3.2.2纤维素合成酶基因家族在各样本中的表达量分析．．．．．．．．．．73

3.3基于荧光定量PCR的表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．74

3.3.1引物设计与合成．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．76

3.3.2荧光定量PCR条件的优化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．79

3.3.3标准曲线的建立与qPCR结果的验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．81

四、纤维素合成酶基因的功能验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．84

4.1过表达载体的构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．85

4.1.1载体选择与改造．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．87

4.1.2过表达基因的克隆．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．88

4.1.3过表达载体的鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．