生物信息学讲义第二章BiologyBasic.pptVIP

复杂性是生命最显著的特征;§2.1.1生命复杂性;

道可道，非常道。

名可名，非常名。

——老子《道德经》

吾生也有涯，而知也无涯。

——庄子《知北游》;生命的结构层次和多样性

生命的组成因素具有复杂的相互作用，是非线性关系，由此产生一系列经典科学无法解决的问题

生物大分子、细胞、组织、器官、系统……

受精卵细胞：分裂、分化、发育、生长、衰老、死亡……

生命最突出的特征——几乎无限的多样性

《InfiniteinAllDirections(全方位的无限)》FreemanDyson，三联书店

空间：地球的生态圈

时间：从35亿年前至今

大小：病毒、鲸鱼

生存环境：空气、陆地、海洋

生活方式：独立生活与寄生

“世界上没有完全相同的两片树叶”——有性繁殖

基因组存储的遗传信息量;生命的非线性和有序性（一）

耗散结构理论（Prigogine，1970s）

孤立系统：热力学第二定律?熵增加，系统趋向紊乱

开放系统：系统远离平衡态，熵减少，出现有序结构;生命的非线性和有序性（二）

生命的各种表现形式均为开放性耗散系统

生命之所以存在，在于从环境中不断吸收负熵（新陈代谢）

生命有序的原因：非线性、远离平衡态

生命复杂系统通过各种途径来克服和减少过强的非线性作用，过弱的非线性作用也不合适。

适度的非线性?“混沌的边缘”（生态系统、生物个体……）;生命的非线性和有序性（三）

生命的本质与人类社会的本质相似：

生理平衡比复制重要；

复杂比简单重要；

细胞的适应力比基因的独裁重要；

整体容忍误差的能力比每部分的精确重要。

——《InfiniteinAllDirections(全方位的无限)》

FreemanDyson

;生命的生物性和社会性

生物的个体行为表现形式是生物性，但更多时候是受外界影响的，即社会性

有性繁殖生物的性行为

人类、蚂蚁、蜜蜂的组织社会

微生物的共生

低等生物的寄生

生物的许多行为同时具有两种属性——事物复杂性的特征之一

男性与女性的行为、思维差异

;现在是9页\一共有127页\编辑于星期三;现在是10页\一共有127页\编辑于??期三;生命中的涌现性

涌现(emergency)：整体大于部分之和

整体必然会出现在部分中没有的属性和特征

元素或子系统的性质≠整体或系统的性质

生物系统的每个层次都有有其本身的复杂性，均存在这种部分与整体的关系，因此有涌现性的发生

细胞、组织、器官、系统、个体、群体、生态系统、社会……;生命的随机性

生物学对事实和现象的概括几乎完全是概率性的

这种概率性源于生命个体的差异性和随机性，也是生命复杂性的表现。

生物学的“唯一”定律：一切生物学定律都有例外。

数学、物理学：常数

生物学：平均数

生物系统中的不确定性

绝大多数生命过程具有不可预测性

DNA突变、精子与卵细胞融合、树叶飘落……

;生命遗传信息的复杂性

生命活动3要素：物质、能量、信息

遗传信息是生物复杂性的信息基础

生物大分子是遗传信息的物质载体，但生物大分子本身并不表示遗传信息，必须通过一定的组织（序列、结构）来实现；

遗传信息以基因组形式、蛋白质组形式存储，是抽象的

遗传信息的复杂性是生命复杂性的突出特征，是研究生命复杂性的关键问题之一;人类认识的有限性

生命复杂性还表现在对其认识的复杂性

生命复杂性的两重含义：客观复杂性、人类认识的复杂性

认识复杂性：对客观复杂性的有效理解和表达

认识的客体、认识的主体

人类对生命复杂性的认识受时空和认知条件的限制

“朝菌不知晦朔，蟪蛄不知春秋”（庄子《逍遥游》）

“井蛙不可以语于海者，拘于虚也；夏虫不可以语于冰者，笃于时也。”（庄子《秋水》）

显微镜：细胞、微生物

X射线晶体衍射技术：DNA双螺旋、遗传机制

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人类对生命复杂性的认识受经验的影响

认识的主体对正确认识的重要作用

中国传统文化的消极影响：

“腐草化萤”、王阳明“格物致知”

用系统论的思想去把握生命的复杂性

“还原论”——buildingblock

为理解生命复杂系统，不仅必须了解它的各个要素，而且必须了解它们之间的关系。

中国传统文化的积极作用——系统、综合

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我们只求满足于生命永恒的奥秘，满足于察觉现存世界的神奇