HPV53进化关系分析及B细胞与T细胞抗原表位预测.pdfVIP

协和医学杂志

ＭｅｄｉｃａｌＪｏｕｒｎａｌｏｆＰｅｋｉｎｇＵｎｉｏｎＭｅｄｉｃａｌＣｏｌｌｅｇｅＨｏｓｐｉｔａｌ

·论著·

ＨＰＶ５３进化关系分析及Ｂ细胞与Ｔ细胞抗原表位预测

蓝锶菡，冯敏

中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所，昆明６５０１１８

通信作者：冯敏，Ｅ⁃ｍａｉｌ：ｆｅｎｇｍｉｎ＠ｉｍｂｃａｍｓ．ｃｏｍ．ｃｎ

【摘要】目的基于全长序列分析人乳头瘤病毒（ｈｕｍａｎｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ，ＨＰＶ）５３不同分离株的进化关系，并对代

表性分离株病毒蛋白（Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ６、Ｅ７、Ｌ１和Ｌ２）的理化性质、二级结构及Ｂ细胞与Ｔ细胞抗原表位进行预测。

方法检索美国国立生物技术信息中心（ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，ＮＣＢＩ）数据库，获取ＨＰＶ５３全长

序列并构建进化树。采用ＰｒｏｔＰａｒａｍ软件分析蛋白的理化性质，ＰＳＩＰＲＥＤ和ＳＯＰＭＡ软件预测其二级结构。采用ＡＢＣｐｒｅｄ

和ＩＥＤＢ软件预测Ｂ、Ｔ细胞抗原表位，并结合肽段柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性及Ｖａｘｉｊｅｎ评分等参数进一步

筛选潜在的优势抗原表位；最后对潜在优势抗原表位与１３个高危型ＨＰＶ进行同源性分析。结果检索ＮＣＢＩ数据库共

下载５４条ＨＰＶ５３全长序列，经去重后保留４８条，来自不同国家／地区的ＨＰＶ５３分离株可划分为Ａ、Ｂ、Ｃ三个主要进

化分支。三个分支代表株病毒的蛋白理化性质相似，Ｅ１、Ｅ６和Ｅ７蛋白的二级结构以α螺旋为主，Ｅ２、Ｅ４、Ｌ１和Ｌ２以

无规则卷曲为主。经预测和筛选后，共得到６个Ｂ细胞潜在优势抗原表位和９个Ｔ细胞潜在优势抗原表位，同源性分析

发现，Ｅ４和Ｅ６区域的Ｂ细胞抗原表位ＴＴＰＩＲＰＰＰＰＰＲＰＷＡＰＴ和ＣＹＲＣＱＨＰＬＴＰＥＥＫＱＬＨ，及Ｌ２区域的Ｔ细胞抗原表位

ＳＧＶＨＳＹＥＥＩＰＭＱ与ＨＰＶ５６具有较高同源性（均＞９０％）。结论通过生物信息学方法分析和预测发现ＨＰＶ５３分离株可

分为Ａ、Ｂ、Ｃ三个主要进化分支，其理化性质相似，二级结构存在部分小差异，且病毒蛋白中含有Ｂ、Ｔ细胞抗原表

位，为ＨＰＶ５３相关多肽形式的疫苗和抗体药物开发提供了更多理论依据。

【关键词】人乳头瘤病毒５３型；进化分析；Ｂ细胞；Ｔ细胞；抗原表位预测

【中图分类号】Ｒ３７３；Ｒ７３７【文献标志码】Ａ【文章编号】１６７４⁃９０８１（２０２４）０６⁃１３６４⁃０８

ＤＯＩ：１０１２２９０／ｘｈｙｘｚｚ２０２４⁃０１３８

ＰｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃＡｎａｌｙｓｅｓｏｆＨＰＶ５３ａｎｄＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆＢａｎｄＴＣｅｌｌＥｐｉｔｏｐｅｓ

ＬＡＮＳｉｈａｎ，ＦＥＮＧＭｉｎ

ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＭｅｄｉｃａｌＢｉｏｌｏｇｙ，ＣｈｉｎｅｓｅＡｃａｄｅｍｙｏｆＭｅｄｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ＆ＰｅｋｉｎｇＵｎｉｏｎＭｅｄｉｃａｌＣｏｌｌｅｇｅ，Ｋｕｎｍｉｎｇ６５０１１８，Ｃｈｉｎａ

Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇａｕｔｈｏｒ：ＦＥＮＧＭｉｎ，Ｅ⁃ｍａｉｌ：ｆｅｎｇｍｉｎ＠ｉｍｂｃａｍｓ．ｃｏｍ．ｃｎ

【Ａｂｓｔｒａｃｔ】ＯｂｊｅｃｔｉｖｅＴｏｃｏｎｓｔｒｕｃｔｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ