2025年大学《生物信息学》专业题库—— 疾病网络生物信息学研究的现状与展望.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——疾病网络生物信息学研究的现状与展望

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、填空题

1.疾病网络分析中，衡量节点重要性的一种指标是________中心性，它反映了节点在网络流中的控制能力。

2.构建疾病-基因网络时，除了共表达数据，常用的数据来源还包括________数据和蛋白质-蛋白质相互作用数据。

3.网络模块检测的目标是将网络中功能相关的节点聚类在一起，常用的算法有________算法和________算法。

4.基于图嵌入的技术，如________，可以将高维网络节点映射到低维空间，便于进行下游分析，如聚类或分类。

5.疾病网络生物信息学在药物研发中的应用之一是识别疾病的________，作为潜在的治疗靶点。

6.评估疾病相似性的方法中，基于________的方法通过比较疾病相关基因或蛋白质的相似性来衡量疾病间的关联程度。

7.将多组学数据（如基因表达、甲基化、蛋白质组数据）整合到疾病网络中进行分析，被称为________。

8.疾病网络分析中，通路富集分析可以帮助我们理解网络中显著富集的________，从而揭示可能的疾病生物学机制。

9.将疾病网络分析的结果应用于临床，进行疾病诊断、预后预测或个性化治疗推荐，是疾病网络生物信息学研究的________目标。

10.人工智能，特别是机器学习技术，在疾病网络分析中可用于________，例如预测疾病易感性或药物靶点。

二、简答题

1.简述从公开生物数据库中获取数据，构建特定类型疾病网络（如癌症-基因网络）的主要步骤。

2.比较基于表达谱数据和基于临床数据构建疾病网络的异同点。

3.解释网络拓扑参数“度”和“介数中心性”在疾病网络分析中的含义及其潜在生物学意义。

4.简述利用疾病网络识别潜在药物靶点的常用策略。

5.讨论当前疾病网络生物信息学研究中面临的主要挑战，例如数据层面和生物网络层面。

三、计算与分析题

1.假设你构建了一个简单的疾病-基因网络，包含3个疾病（D1,D2,D3）和5个基因（G1,G2,G3,G4,G5）。网络连接如下：D1与G1、G2相连；D2与G2、G3相连；D3与G4、G5相连；G1与G3相连；G4与G2相连。请计算每个疾病节点的度中心性，并指出哪个基因在拓扑意义上处于核心地位（提示：可以计算基因的度中心性作为参考）。请简要解释你的计算结果在网络生物学上的可能含义。

2.某研究者在研究中发现，在一个大型乳腺癌-基因网络中，基因G5表现出非常高的介数中心性。请结合疾病网络生物信息学的知识，分析高介数中心性的G5可能扮演的角色，并提出下一步可以进行的生物信息学分析或实验验证方向。

四、论述题

1.论述整合多组学数据（如基因表达、临床特征）构建疾病网络的必要性和优势，并举例说明如何利用这样的整合网络进行分析。

2.随着大数据和人工智能技术的发展，疾病网络生物信息学在未来可能呈现出哪些新的发展趋势和研究方向？请结合具体技术或应用进行阐述。

试卷答案

一、填空题

1.介数

2.临床

3.确定聚类(MCL)；层次聚类(HierarchicalClustering)

4.Node2Vec；GraphEmbedding

5.共病基因(or共病蛋白质)

6.图结构(or网络结构)

7.多组学网络整合(orMulti-omicsNetworkIntegration)

8.生物学通路(or通路)

9.临床转化(orClinicalTranslation)

10.节点预测(or顶点预测)

二、简答题

1.解析思路：构建疾病网络通常包括数据收集、数据预处理、网络构建和网络分析四个主要阶段。首先需要明确目标疾病和研究对象，然后从公共数据库（如TCGA,GEO,OMIM,STRING,DrugBank等）中收集相关的基因表达数据、蛋白质相互作用数据、临床数据等。接着对收集到的原始数据进行清洗和质量控制，处理缺失值，标准化数据等。之后，根据研究目的选择合适的网络构建方法（如共表达、共现、功能注释、临床关联等），将数据转化为网络形式（边和节点）。最后，对构建好的网络进行拓扑分析、模块检测、关键节点识别、通路富集分析等，以揭示疾病相关的生物学机制。

2.解析思路：基于表达谱数据构建的疾病网络主要反映了在特定疾病状态下基因表达水平的共变关系，通常揭示基因在疾病发生发展中的协同作用或调控关系。这类网络的优势在于数据量大、更新快，能够捕捉到转录水平的动态变化。劣势在于