2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在农业生态环境保护中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在农业生态环境保护中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述利用宏基因组学研究的农业土壤污染效应时，需要关注哪些关键的生物信息学分析步骤？请列出主要流程并简要说明每个步骤的目的。

二、

农业环境中的重金属污染可能影响植物的生长和发育，并改变根际土壤微生物群落结构。请阐述如何运用生物信息学方法分析这种影响，需要涉及哪些核心技术和数据分析流程？

三、

简述利用生物信息学工具进行农业害虫/病原体快速检测的主要原理和流程。提及至少两种常用的分析方法和相应的数据库资源。

四、

植物对干旱、盐碱等非生物胁迫的响应涉及复杂的基因调控网络。请说明生物信息学如何用于解析这些响应机制，并分析其在选育抗逆作物中的应用价值。

五、

转基因生物（GMO）的种植及其环境影响是农业领域的重要议题。生物信息学在哪些方面可以协助进行GMO的环境影响评估？请列举至少三个具体的应用场景并简述其分析思路。

六、

农业集约化生产可能导致土壤微生物多样性下降和生态系统功能退化。请设计一个基于生物信息学的研究方案，旨在评估长期施肥或农药使用对农田土壤微生物群落结构和功能多样性的影响。请说明研究设计的关键环节、所需数据类型以及主要的分析方法。

七、

环境多组学（如基因组、转录组、代谢组）数据的整合分析对于全面理解农业环境变化至关重要。请讨论在进行环境多组学数据整合分析时面临的主要挑战，并提出相应的生物信息学解决方案或策略。

试卷答案

一、

答：利用宏基因组学研究的农业土壤污染效应时，关键的生物信息学分析步骤主要包括：

1.序列质量控制与过滤：对原始测序数据进行质量评估和过滤，去除低质量序列、引物序列、接头序列等，确保后续分析的准确性。目的在于获得高质量的原始序列数据集。

2.序列拼接（可选）：对于宏基因组数据，常进行组装以获得更长的序列片段（contigs/megabins），有助于恢复完整的基因组或大型基因。目的在于构建环境微生物的基因图谱。

3.物种注释与分类学鉴定：利用比对工具（如BLAST,Diamond）将测序序列与公共数据库（如NCBINR,Silva,GTDB）中的参考序列进行比对，推断序列所属的生物种类。目的在于识别土壤样品中存在的微生物群落组成。

4.功能注释与基因挖掘：将注释后的基因序列与功能数据库（如Kegg,eggNOG,COG）进行比对，预测基因的功能。目的在于了解群落中微生物可能具备的代谢能力和生态功能。

5.群落结构分析：计算Alpha多样性（如Shannon,Simpson指数，反映群落内部多样性）和Beta多样性（如PCA,PCoA,UniFrac距离，反映群落之间差异）。目的在于评估污染对微生物群落多样性的影响程度。

6.差异分析：比较污染处理组与对照组之间微生物群落结构或功能基因丰度的差异（如LEfSe,DESeq2）。目的在于识别受污染显著影响的关键物种或功能类群。

7.生态网络分析（可选）：构建微生物互作网络或基因共表达网络，分析群落内部成员间的相互作用或功能基因间的协同作用。目的在于揭示污染下的微生物生态功能和相互作用模式。

二、

答：运用生物信息学方法分析重金属污染对植物生长和根际土壤微生物群落结构的影响，主要步骤包括：

1.根际土壤样品采集与宏组学测序：采集污染处理组与对照组的植物根际土壤样品，提取土壤DNA或RNA，进行高通量测序（如16SrRNA基因测序、宏基因组测序、宏转录组测序）。

2.数据预处理与分析：对测序数据进行质控、过滤、降采样等预处理。对于16S数据，进行物种注释和分类学分析（计算Alpha/Beta多样性，比较群落组成差异）。对于宏基因组/宏转录组数据，进行质量过滤、序列拼接（可选）、物种注释、功能注释，并计算Alpha/Beta多样性及进行差异分析。

3.差异分析：比较处理组与对照组在根际土壤微生物的物种组成、丰度、功能基因（如与重金属耐受、植物激素信号通路、植物营养吸收相关基因）丰度或表达水平上的差异。

4.关联性分析：结合植物生长指标（如株高、生物量、叶片重金属含量、抗氧化酶活性等）与微生物群落特征数据，进行相关性分析或回归分析，探究微生物群落变化与植物响应之间的潜在关联。

5.网络分析（可选）：构建微生物-植物相互作用网络或功能基因共表达网络，深入分析微生物群落结构与功能如何影响植物对重金属胁迫的响应。

三、

答：利用生物信息学工具进行农业害虫/病原体快速检测的主要原理是基于核酸序列的特异性。流程通常包括：

1.目标序列设计：针对特定害虫或病原体设计特异性引物或探针，这些序列通常来源于其独特