2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学在植物品种改良中的应用.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学在植物品种改良中的应用

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、选择题（每题2分，共20分。请将正确选项的代表字母填在题干后的括号内）

1.在植物基因组重测序数据分析中，用于检测群体水平SNP变异的主要工具是？

A.GATK

B.SAMtools

C.PLINK

D.HISAT2

2.对于大规模植物群体的基因分型数据，选择合适的标记进行关联分析（GWAS）以获得稳定、可靠的结果，通常需要考虑标记的哪项基本性质？

A.标记的测序深度

B.标记的等位基因频率分布

C.标记间的物理距离

D.标记的基因型Calling错误率

3.在进行RNA-Seq数据分析时，使用DESeq2或edgeR等工具进行差异基因表达分析，其核心目标是？

A.对测序数据进行质量控制

B.比较不同处理或条件下基因表达水平的差异

C.进行基因家族的聚类分析

D.预测基因的功能注释

4.基因组选择（GenomicSelection,GS）技术在植物育种中的主要优势在于能够？

A.直接克隆目标性状的基因

B.快速获得纯合的优良品种

C.同时选择多个与目标性状紧密连锁的微效基因

D.无需进行复杂的表型鉴定

5.利用SSR（简单序列重复）标记进行分子标记辅助选择（MAS）时，构建高密度遗传连锁图谱是关键步骤，其主要目的是？

A.计算群体成员间的亲缘关系

B.估算标记与目标性状的遗传距离

C.鉴定群体中的遗传多样性

D.对基因进行功能注释

6.在植物重要性状的全基因组关联分析（GWAS）中，如果发现多个SNP位点与目标性状显著关联，但它们位于不同的基因上，这可能暗示？

A.该性状可能由多个基因共同控制

B.存在大量的假阳性结果

C.这些SNP位点之间存在强烈的连锁不平衡

D.测序数据存在严重的批次效应

7.对于已经获得的转基因植物，使用生物信息学方法进行插入位点鉴定和转基因表达分析的主要目的是？

A.评估转基因的安全性

B.验证外源基因是否成功整合到植物基因组中并正确表达

C.推断转基因植物的抗性机制

D.设计进一步的分子改造方案

8.在进行植物比较基因组学研究中，常通过构建基因共线性图来分析不同物种间的基因组结构演化关系，其基本原理是？

A.比较物种间的表型相似性

B.寻找不同基因组中位置保守的基因或基因块

C.分析物种间的进化距离

D.评估物种间的遗传多样性

9.如果要开发一套基于简化基因组测序（如GBS）数据的KASP标记，其主要流程通常包括哪些环节？（请选择所有正确的选项）

A.群体测序数据的预处理和SNP位点筛选

B.KASP引物对的设计与合成

C.遗传距离或相似性矩阵的计算

D.标记的遗传作图和等位基因效应分析

10.在利用生物信息学方法进行植物抗病性育种时，分析病原菌与寄主互作网络可能有助于？

A.鉴定植物上的抗病相关基因

B.找到病原菌的毒力基因

C.预测潜在的抗病机制

D.以上所有

二、简答题（每题5分，共20分）

1.简述利用RNA-Seq数据挖掘植物抗逆相关候选基因的基本思路和主要步骤。

2.简要说明QTL（数量性状位点）定位分析在植物分子标记辅助育种中的具体作用和应用流程。

3.在进行基因组重测序数据质量控制时，需要关注哪些主要指标？简要解释每个指标的意义。

4.简述生物信息学方法在评估转基因植物安全性方面可以发挥的作用。

三、论述题（每题10分，共30分）

1.论述生物信息学技术在克服植物有性杂交限制、实现远缘杂交或种质创新方面的应用潜力。

2.深入讨论基因组选择（GS）技术在现代植物育种中相较于传统育种方法的优势、面临的挑战以及未来发展趋势。

3.结合具体实例，论述多组学数据（如基因组、转录组、蛋白质组、代谢组）整合分析对于深入理解植物生长发育和响应环境胁迫的生物学机制，以及指导精准育种的潜在价值。

四、计算题（15分）

假设对一个包含100个个体（编号1到100）的玉米杂交群体进行了GBS测序，获得了2000个高密度SNP标记。在关联分析中，标记g1位于染色体1上，其等位基因频率为A1=0.7,A2=0.3。在该群体中，个体1到100的g1基因型频数如下：纯合A1A1: