2025年大学《生物信息学》专业题库—— 生物信息学对基因表达调控网络分析的方法.docxVIP

2025年大学《生物信息学》专业题库——生物信息学对基因表达调控网络分析的方法

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、填空题

1.基因芯片数据标准化常用的方法包括________和________等技术，目的是减少技术噪音，使不同样本间的表达数据具有可比性。

2.在进行差异基因表达分析时，若不考虑样本间多重比较问题，可能会导致第一类错误率________，常用的多重检验校正方法有________和________。

3.共表达网络分析中，衡量基因之间相关性常用的指标有________和________。

4.基于基因表达数据构建网络时，WGCNA（加权基因共表达网络分析）方法通过________检测基因模块，并利用________确定模块成员与外部样本表型的关系。

5.调控网络推断中，利用已知的转录因子及其靶基因信息（regulon）进行网络构建属于________推断方法。

6.生物信息学研究中，KEGG数据库主要提供了________、________和________等方面的信息。

7.对构建好的基因调控网络，分析其拓扑学参数如________和________可以帮助理解网络的复杂性和模块化特征。

8.将基因表达数据与染色质可及性数据（如ATAC-seq）相结合推断调控网络，通常利用________变量进行分析。

9.生物信息学工具limma包主要用于处理和分析________数据，其核心模型基于________。

10.RNA测序（RNA-seq）技术相比传统基因芯片技术的主要优势在于________和________。

二、简答题

1.简述从原始基因芯片数据到差异表达基因列表的基本数据处理流程，并说明每一步骤的主要目的。

2.解释什么是共表达网络，构建共表达网络的主要步骤有哪些？

3.比较基于实验数据（如ChIP-seq）和基于表达数据推断调控网络的方法原理和主要区别。

4.简述整合多组学数据（如表达、染色质修饰）构建调控网络的思路和优势。

5.什么是网络动力学模型？在基因表达调控网络分析中应用动力学模型有什么意义？

三、分析题

1.假设你获得了一组比较正常细胞和肿瘤细胞的全基因组RNA测序数据。简述你会采用哪些生物信息学方法进行分析，以尝试解析与肿瘤发生相关的基因表达调控变化？请列出主要的分析步骤，并简要说明每步的目的是什么。

2.某研究团队利用WGCNA方法分析了一组细胞样本的数据，识别出了一个与细胞增殖相关的基因模块（ModuleA）。请分析该模块的基因功能注释（如GO富集分析结果）可能揭示哪些生物学过程或通路？如果发现该模块在多种癌症类型中均表现出与不良预后相关，你能推测其可能的作用机制吗？（不要求深入生物学细节，侧重分析思路）

3.描述一下如果你需要评估一个新开发的基因调控网络推断算法的性能，你会从哪些方面进行评估？需要用到哪些类型的实验数据或金标准数据？

试卷答案

一、填空题

1.标准化曲线，光密度

2.升高，Bonferroni，FDR

3.相关系数，互信息

4.基于偏最小二乘路径分析（PLS）的距离，模块成员与外部样本表型的相关性（如CPC/COR）

5.基于先验知识

6.代谢通路，药物信息，疾病信息

7.节点度，聚集系数

8.关联

9.基因芯片，线性模型

10.测序深度高，定性检测（无需预设计探针）

二、简答题

1.答案：基本流程包括：数据预处理（如质量控制、数据清洗、标准化）、差异表达分析（如使用limma或edgeR包进行统计检验）、结果过滤与排序（如根据P值和FoldChange筛选基因）。主要目的：去除原始数据中的噪音和批次效应，确保数据质量；通过统计检验识别在不同条件下表达水平发生显著变化的基因；筛选出有生物学意义的差异表达基因。

解析思路：考察对基因芯片数据分析标准流程的掌握。需要列出关键步骤，并解释每一步为何重要（如标准化的目的是可比性，检验的目的是发现差异）。

2.答案：共表达网络是将表达模式相似的一组基因关联起来的网络。构建步骤包括：计算基因对之间的相关性或距离；根据相关性/距离构建基因相似性矩阵；将相似性矩阵转化为网络图（通常使用层次聚类）；识别网络中的模块（紧密连接的基因群）。

解析思路：考察对共表达网络定义和构建方法的理解。首先要定义什么是共表达网络，然后按逻辑顺序列出构建的关键计算和聚类步骤。

3.答案：基于实验数据的方法通常利用染色质结合实验（如ChIP-seq）直接检测转录因子与DNA