2025年大学《整合科学》专业题库—— 转录组学与蛋白质组学的整合.docxVIP

2025年大学《整合科学》专业题库——转录组学与蛋白质组学的整合

考试时间：______分钟总分：______分姓名：______

一、

简述转录组学研究的核心目标及其主要技术手段（如RNA测序）的基本原理。

二、

蛋白质组学分析相较于转录组学分析，在技术层面和生物学信息方面主要存在哪些差异和挑战？请列举至少三点。

三、

解释什么是“假阴性”和“假阳性”在转录组与蛋白质组关联分析中的含义。为什么整合分析有助于减少这两种情况带来的误导？

四、

列举三种常用的转录组学与蛋白质组学数据整合分析策略，并简要说明每种策略的基本思想。

五、

某研究旨在探究一种药物处理对细胞的影响，分别获得了处理组与对照组的转录组（RNA-Seq）和蛋白质组（基于SILAC定量）数据。请设计一个简要的分析流程，说明如何整合这两组数据以探究药物影响的分子机制，并指出该流程中需要考虑的关键步骤和潜在问题。

六、

单细胞转录组测序（scRNA-seq）和单细胞蛋白质组测序（scProteomics）技术的发展为整合研究带来了新的机遇和挑战。请讨论scRNA-seq与scProteomics整合可能的优势，并指出当前面临的主要技术难点。

七、

在整合转录组与蛋白质组数据时，标准化是一个关键步骤。请简述进行多组学数据标准化时需要考虑的主要因素，并比较转录组数据（如readcounts）和蛋白质组数据（如SILAC比率）在标准化方法上的异同点。

八、

试述在解读整合分析结果时，如何判断转录本表达水平的变化是否能够可靠地预测相应的蛋白质水平变化？需要考虑哪些因素？

九、

结合你所学知识，谈谈当前多组学整合分析面临的主要瓶颈是什么？未来可能的发展方向有哪些？

试卷答案

一、

核心目标：定量测量细胞或组织中所有（或大部分）基因的转录本丰度，揭示在不同条件下基因表达的差异和调控模式。

主要技术手段（RNA测序）原理：通过高通量测序技术直接测序细胞或组织样本中全部或部分的RNA分子（主要是mRNA），通过序列比对确定转录本种类和数量，进而定量分析基因表达水平。

二、

1.动态范围：蛋白质的绝对丰度和相对丰度变化范围通常比mRNA更大，蛋白质组学更难精确定量。

2.稳定性：mRNA半衰期相对较短，对环境变化更敏感；蛋白质半衰期差异大，许多蛋白质（如酶、结构蛋白）相对稳定，蛋白质组学数据更能反映细胞状态的“快照”。

3.技术瓶颈：蛋白质种类繁多（约1013种），等电点、分子量范围广，翻译后修饰复杂，使得蛋白质的鉴定和定量比RNA更困难，样本前处理和质谱分析成本更高。

4.生物学信息：蛋白质是执行功能的最终载体，蛋白质组学能更直接地反映细胞的功能状态和代谢活动，且能提供PTMs等信息，而转录组学主要反映基因表达的“潜力”。

三、

假阴性：指基因/转录本表达上调，但对应的蛋白质水平没有显著变化（或甚至下调）。

假阳性：指基因/转录本表达没有显著变化，但对应的蛋白质水平发生了显著变化。

整合分析作用：转录组变化不总是立即或成比例地反映在蛋白质组上，因为存在转录-翻译耦联效率差异、mRNA稳定性差异、蛋白质降解速率差异、PTMs等多种调控层。整合分析可以结合两个层面的信息，通过相互验证减少仅基于单一组学数据可能出现的假阴性和假阳性，获得更稳健、更可靠的生物学结论。例如，转录上调但蛋白不变化可能提示翻译抑制或蛋白快速降解，整合分析有助于识别这类调控事件。

四、

1.基于相关性分析：计算转录本表达量与对应蛋白质丰度（或变化倍数）之间的相关性（如皮尔逊相关系数），识别表达模式一致的基因/蛋白质对或群体。思想是寻找表达水平变化趋势一致的信号。

2.基于统计学模型：建立统计模型（如混合效应模型、线性模型）来同时分析转录组和蛋白质组数据，评估转录本丰度变化对蛋白质丰度变化的贡献程度，并控制其他因素的影响。思想是建立变量间的关系模型。

3.基于网络构建：利用转录调控网络或蛋白质相互作用网络的信息，将转录组与蛋白质组数据关联起来。例如，基于已知的转录因子-靶基因关系，推断转录变化如何影响下游通路中的蛋白质水平。思想是利用已知的生物学关系连接两个组学数据层。

五、

简要分析流程：

1.数据预处理与标准化：对RNA-Seq和SILAC数据进行质量控制、去除低质量读段/肽段，并进行标准化处理（如RNA-Seq的TPM/FPKM/RPKM，SILAC的对数转换），使数据适合比较。

2.差异分析：分别进行转录组差异表达分析（识别显著上调/下调的基因）和蛋白质组差异定量分析（识别显著变化表达的蛋白质）。

3.数据整合：选择合适的整合策略（如基于相关性、统计模型或网络），将标准化后的转录组与蛋白质组数据进行整合。

4.整合结果