2025年单细胞ATAC-seq数据分析与峰值calling考核试卷.docVIP

2025年单细胞ATAC-seq数据分析与峰值calling考核试卷

一、单项选择题（每题1分，共30题）

1.在单细胞ATAC-seq数据分析中，常用的峰值calling工具是？

A.Samtools

B.MACS2

C.Bedtools

D.Hadoop

2.单细胞ATAC-seq数据中，峰值的定义通常是指？

A.reads数量的最高点

B.宽度超过100bp的区域

C.染色质可及性显著高于背景的区域

D.二级结构形成的区域

3.以下哪个参数通常用于优化峰值calling的敏感性和特异性？

A.PCR循环数

B.峰值宽度

C.Q值

D.FDR

4.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个步骤不属于峰值calling的范畴？

A.reads过滤

B.峰值识别

C.峰值注释

D.可视化分析

5.峰值calling后，常用的注释工具是？

A.Bowtie2

B.HOMER

C.HISAT2

D.Samtools

6.以下哪个指标可以用来评估峰值calling的质量？

A.reads覆盖度

B.峰值数量

C.峰值高度

D.峰值定位精度

7.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个术语指的是染色质可及性显著高于背景的区域？

A.TSS

B.CTCF结合位点

C.峰值

D.染色质开放区域

8.峰值calling后，如何判断一个区域是否为真正的染色质开放区域？

A.基于reads数量

B.基于信号强度

C.基于背景噪声

D.基于功能注释

9.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个工具可以用于识别CTCF结合位点？

A.MACS2

B.CTCF-seq

C.HOMER

D.ChIP-seq

10.峰值calling后，如何去除假阳性峰值？

A.基于信号强度阈值

B.基于峰值宽度

C.基于背景噪声

D.基于功能注释

11.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个参数通常用于控制峰值calling的阈值？

A.PCR循环数

B.峰值宽度

C.Q值

D.FDR

12.峰值calling后，如何进行峰值注释？

A.基于基因组注释文件

B.基于reads数量

C.基于信号强度

D.基于背景噪声

13.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个工具可以用于进行峰值注释？

A.Samtools

B.MACS2

C.Bedtools

D.HOMER

14.峰值calling后，如何进行染色质开放区域的可视化？

A.基于散点图

B.基于热图

C.基于基因组浏览器

D.基于PCA图

15.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个工具可以用于进行染色质开放区域的可视化？

A.Samtools

B.MACS2

C.Bedtools

D.IGV

16.峰值calling后，如何进行染色质开放区域的功能分析？

A.基于基因注释

B.基于reads数量

C.基于信号强度

D.基于背景噪声

17.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个工具可以用于进行染色质开放区域的功能分析？

A.Samtools

B.MACS2

C.Bedtools

D.DAVID

18.峰值calling后，如何进行染色质开放区域的差异分析？

A.基于t检验

B.基于方差分析

C.基于wilcoxon检验

D.基于PCA分析

19.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个工具可以用于进行染色质开放区域的差异分析？

A.Samtools

B.MACS2

C.Bedtools

D.edgeR

20.峰值calling后，如何进行染色质开放区域的聚类分析？

A.基于k-means聚类

B.基于层次聚类

C.基于PCA分析

D.基于t-SNE分析

21.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个工具可以用于进行染色质开放区域的聚类分析？

A.Samtools

B.MACS2

C.Bedtools

D.Seurat

22.峰值calling后，如何进行染色质开放区域的路径分析？

A.基于k-means聚类

B.基于层次聚类

C.基于PCA分析

D.基于富集分析

23.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个工具可以用于进行染色质开放区域的路径分析？

A.Samtools

B.MACS2

C.Bedtools

D.GSEA

24.峰值calling后，如何进行染色质开放区域的时空分析？

A.基于k-means聚类

B.基于层次聚类

C.基于PCA分析

D.基于时间序列分析

25.在单细胞ATAC-seq数据分析中，以下哪个工具可以用于进行染色质开放区域的时空分析？

A.Samtools

B.MACS2

C.Bedtools

D.scVI

26.峰值calling后，如何进行染色质开放区域的互作分析？

A.基于k-means聚类

B.基于层次聚类

C.基于PCA分析

D.基