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有害藻华的宏条形码分析:机会与挑战

陈楠生1,2,3

(1.中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室,山东青岛266071;2.青岛海洋科学与技术试

点国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室,山东青岛266237;3.中国科学院海洋大科学研究中心,

山东青岛266071)

摘要:宏条形码分析(metabarcodinganalysis)是通过对野外样本的分子标记(即条形码)进行PCR扩增、

测序,并利用测序结果分析野外样本物种组成、物种相对丰度,及其时空动态变化。这项在近20年里

逐步发展起来的分子技术,得益于DNA测序技术的快速发展,包括测序通量的提升和测序成本的降低,

以及生物信息学分析方法的快速开发。基于可操作分类单元(operationaltaxonomicunits,OTUs)分析方

法,特别是最近的扩增子序列变异(ampliconsequencevariants,ASVs)方法的开发,极大促进了宏条形

码分析的应用。在世界及我国的海洋生态领域,宏条形码分析的应用还处于起步阶段。随着分析方法

的日趋成熟,可适用于不同应用领域的分子标记不断增加,以及参考数据库的不断完善,宏条形码分

析将释放出广阔的应用潜力。可以预期,宏条形码分析将在系统分析我国近岸海域有害藻华物种(及其

他浮游生物物种)的组成和相对丰度中起关键作用,通过发现新物种,辨别隐存种,跟踪物种的生物地

理学,进而帮助解析有害藻华暴发机理。

关键词:有害藻华物种;分子标记;可操作分类单元;扩增子序列变异;宏条形码分析;生物地理学

中图分类号:Q948.8;Q14文献标识码:A文章编号:1000-3096(2020)07-0116-19

DOI:10.11759/hykx20200310001

有害藻华(harmfulalgalblooms)是由于藻类快速rDNA被作为分子标记研究自然海域浮游植物的组成,

繁殖和累积造成的自然生态现象,可能具有灾难性并发现两类与甲藻进化关系较近的生物类群,即海洋

的生态或经济后果,比如导致海洋动、植物死亡、海[10-11]

alveolateⅠ和alveolateⅡ,并确认了AlveolateⅠ

洋食品污染、海洋食物链的改变,以及旅游资源的破[12]

和AlveolateⅡ都是寄生性甲藻。

坏等[1-2]。近年来,国内外赤潮发展具有新特点,包括这些基于DNA分子标记扩增、测序研究野外样

暴发规模加大、持续时间更长、致灾效应加重和全本的方法迅速显示出强大的潜力,并逐步演变成为

球扩张明显[3]。我国海岸线长,近岸海域面积大,包宏条形码分析[13],即针对包括很多物种的自然样本,

括渤海、黄海、东海和南海,有害藻华是我国海洋生

而不是单一物种为研究对象的基因组研究。宏条形

态系统中最重要的问题之一[1]。对于引发有害藻华的