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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪种技术属于第二代测序(NGS)的核心原理?
A.纳米孔电信号识别(纳米孔测序)
B.边合成边测序(桥式PCR+荧光标记dNTP)
C.链终止法(双脱氧核苷酸终止反应)
D.单分子实时测序(SMRT,PacBio)
答案:B
解析:第二代测序(NGS)的核心技术是边合成边测序,通过桥式PCR扩增DNA簇,结合荧光标记的dNTP实现碱基读取(如Illumina平台)。选项A为三代测序(纳米孔),C为一代测序(Sanger),D为三代测序(PacBio),均错误。
常用于评估测序数据质量的工具是?
A.BWA
B.FastQC
C.Samtools
D.Bowtie2
答案:B
解析:FastQC是专门用于测序数据质量控制的工具,可生成碱基质量、GC含量、接头污染等统计图表。A(BWA)和D(Bowtie2)是序列比对工具,C(Samtools)用于处理SAM/BAM格式文件,均错误。
以下哪个数据库主要存储蛋白质三维结构信息?
A.GenBank
B.PDB(ProteinDataBank)
C.Ensembl
D.dbSNP
答案:B
解析:PDB是全球权威的蛋白质三维结构数据库。A(GenBank)存储核酸序列,C(Ensembl)提供基因组注释,D(dbSNP)存储单核苷酸多态性,均错误。
对RNA-seq数据进行定量分析时,常用的工具是?
A.HISAT2
B.Salmon
C.GATK
D.BLAST
答案:B
解析:Salmon是基于准映射(quasi-mapping)的RNA-seq定量工具,可快速计算转录本表达量。A(HISAT2)是比对工具,C(GATK)用于变异检测,D(BLAST)用于序列相似性搜索,均错误。
以下哪种文件格式同时包含序列和质量信息?
A.FASTA
B.FASTQ
C.BED
D.VCF
答案:B
解析:FASTQ格式每4行为一个记录,包含序列ID、序列、质量标识行和质量分数(Phred值)。A(FASTA)仅含序列,C(BED)用于基因组区间注释,D(VCF)存储变异信息,均错误。
基因组组装中,“contig”指的是?
A.经过比对的短序列片段
B.不包含缺口的连续序列
C.包含缺口的scaffolds
D.原始测序读长(reads)
答案:B
解析:contig(重叠群)是通过重叠短读长(reads)组装得到的无缺口连续序列。A为比对后的结果,C为scaffold(包含缺口的contig连接),D为原始数据,均错误。
以下哪种算法常用于系统发育树构建?
A.BLAST
B.ClustalW
C.MEGA(邻接法/NJ)
D.HMMER
答案:C
解析:MEGA软件常用邻接法(NJ)或最大似然法(ML)构建系统发育树。A(BLAST)用于序列比对,B(ClustalW)用于多序列比对,D(HMMER)基于隐马尔可夫模型搜索同源序列,均错误。
宏基因组学(Metagenomics)研究的主要对象是?
A.单个物种的基因组
B.环境样本中的微生物群落
C.肿瘤组织的体细胞突变
D.模式生物的功能基因
答案:B
解析:宏基因组学直接分析环境或宿主样本中的全部微生物DNA,研究群落组成与功能。A为普通基因组学,C为癌症基因组学,D为功能基因组学,均错误。
检测拷贝数变异(CNV)时,常用的测序策略是?
A.全外显子测序(WES)
B.低深度全基因组测序(低覆盖WGS)
C.单细胞测序
D.16SrRNA测序
答案:B
解析:低深度全基因组测序(如10×覆盖)通过读长覆盖度的差异检测CNV。A(WES)主要检测外显子区域点突变,C(单细胞测序)用于稀有细胞分析,D(16S)用于微生物分类,均错误。
以下哪个工具用于基因功能富集分析?
A.DAVID
B.GATK
C.TopHat
D.Picard
答案:A
解析:DAVID(DatabaseforAnnotation,VisualizationandIntegratedDiscovery)是经典的基因功能富集分析工具,可对GO、KEGG等数据库进行富集。B(GATK)用于变异检测,C(TopHat)用于RNA-seq比对,D(Picard)用于测序数据预处理,均错误。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)(每题至少2个正确选项)
以下属于NGS数据预处理步骤的有?
A.质量控制(FastQC)
B.接头修剪(Trimmomatic)
C.序列比对(BWA)
D.低质量读长过滤(设定Phred阈值)
答案:ABD
解析:NGS预处理主要包括质量评估(A)、
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