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药物药物相互作用预测的图神经网络模型研究1

药物药物相互作用预测的图神经网络模型研究

摘要

药物药物相互作用（DDI）预测是药物安全评价和临床合理用药的重要研究领域。

本研究旨在构建基于图神经网络（GNN）的高精度DDI预测模型，通过整合多源异构生

物医学数据，实现对潜在DDI的系统性识别与风险评估。研究采用图卷积网络（GCN）、

图注意力网络（GAT）等先进算法，结合分子描述符、蛋白质互作网络和药理学特征，

构建多模态图结构数据表示。通过对比实验验证模型性能，预期将DDI预测准确率提

升至90%以上，假阳性率控制在5%以下。研究成果将为药物研发提供computational

工具支持，助力”健康中国2030”战略实施。

关键词：药物相互作用；图神经网络；药物安全；预测模型；生物信息学

1引言

1.1研究背景与意义

药物药物相互作用（DrugDrugInteraction,DDI）是指两种或多种药物同时或相继

使用时，其药理效应发生改变的现象。根据世界卫生组织（WHO）统计，全球约7%的

住院患者与DDI相关，其中严重DDI导致的死亡率高达0.1%。随着多药联合治疗方

案的普及，DDI已成为临床用药安全的主要威胁之一。传统DDI识别方法主要依赖临

床试验和自发报告系统，存在周期长、成本高、覆盖面有限等缺陷。

图神经网络作为深度学习在图结构数据上的重要突破，为DDI预测提供了新的技

术路径。通过将药物分子、蛋白质靶点等生物实体抽象为图节点，将相互作用关系表示

为边，GNN能够有效捕捉复杂生物系统中的非线性关系。本研究将系统探索GNN在

DDI预测中的应用潜力，构建可解释性强、预测精度高的计算模型，为药物安全评价提

供理论依据和技术支持。

1.2国内外研究现状

国外研究方面，斯坦福大学团队于2018年首次将GCN应用于DDI预测，在

DrugBank数据集上达到85.3%的准确率。2021年MIT研究人员开发的DeepDDI模

型结合了分子图和文本信息，将预测性能提升至89.7%。欧洲生物信息学研究所（EBI）

建立的ChEMBL数据库已成为DDI研究的重要数据资源。

国内研究起步较晚但发展迅速。中国科学院上海药物研究所开发的DDIPred系统

采用集成学习方法，在中文药物说明书中实现了82.4%的DDI识别准确率。清华大学

团队提出的KGDDI模型通过知识图谱增强，在临床数据上表现出色。根据《中国药物

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警戒年度报告（2022）》，我国每年新增DDI报告约15万例，凸显了该领域研究的紧迫

性。

1.3研究目标与内容

本研究的主要目标是构建基于GNN的DDI预测模型，具体包括：

1.建立包含10万+药物对的多源异构数据库

2.开发融合分子结构和药理特征的图表示方法

3.优化GNN架构以适应DDI预测任务

4.构建可解释性模块揭示DDI发生机制

5.开发原型系统供药物研发机构试用

研究内容涵盖数据采集与处理、模型设计与训练、性能评估与优化等全流程。重点

解决图结构数据表示、多模态特征融合、模型可解释性等关键技术问题。

2政策与行业环境分析

2.1国家政策支持

《“健康中国2030”规划纲要》明确提出要加强药品安全监管，完善药物警戒体

系。《“十四五”生物经济发展规划》将精准医疗列为重点发展领域，要求加强药物研发

中的智能化技术应用。国家药品监督管理局（NMPA）发布的《药物相互作用研究技术

指导原则》为DDI研究提供了规范框架。

国家自然科学基金委员会在”人工智能驱动的科学发现”专项中设立了药物相互作

用预测相关课题。科技部”新一代人工智能”重大科技项目也将”生物医药知识图谱构建

与应用”列为优先支持方向。这些政策为本研究提供了良好的发展环境。

2.2行业需求分析

全球药物研发成本持续攀升，根据TuftsCenter数据，2022年单个新药研发成本

已达28.9亿美元。DDI是导致药物研发失败的重要原因之一，约占临床II期失败案例

的15%。通过计算预测