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生物计算实验室建设施工方案

作为深耕实验室建设领域近十年的项目负责人，我参与过基因测序中心、蛋白质结构预测平台等多个生物信息类实验室的筹建工作。这次接到某高校生物计算实验室的建设任务时，我特意翻出前几年做的项目笔记——生物计算不同于普通化学或生物实验室，它对算力、数据吞吐量、系统兼容性的要求更“精密”，就像给科研人员打造一把“能拆解生命密码的瑞士军刀”。以下结合实地调研、团队讨论和过往经验，详细阐述本次施工方案。

一、项目背景与建设目标

1.1背景需求

生物计算是融合基因组学、人工智能与高性能计算的交叉领域，该高校生命科学学院现有计算资源已难以支撑日均TB级的测序数据处理（如三代测序单样本数据量超100GB）、百万参数的蛋白质结构预测模型训练，以及多学科联合的组学数据整合分析。课题组反馈最集中的问题是：“跑全基因组关联分析（GWAS）时，300样本的数据集要等3天；做深度学习模型调参，显卡内存总报错。”因此，建设一个“高算力、低延迟、可扩展”的生物计算实验室迫在眉睫。

1.2核心目标

基于需求调研（与7个课题组深度访谈、梳理3年科研项目数据），明确实验室需实现三大功能：

算力支撑：满足单任务2000核以上并行计算、8卡GPU加速训练需求；

数据中枢：支持日均5TB数据入库、PB级冷数据长期存储，兼容FASTQ、BAM、PDB等10余种生物信息学格式；

协同开放：预留100个科研终端接口，实现校内跨学院（生科院、计算机学院）、校外合作单位的安全算力共享。

二、施工准备：从“纸上蓝图”到“落地清单”

2.1技术方案设计

我们团队用了2周时间，联合高校生信团队、设备供应商开了5次讨论会。记得第一次现场勘察时，实验室位于科研楼4层，原空间是普通办公室，层高3.2米，面积120㎡。需要解决的关键问题包括：

电力：生物计算设备功耗大（预估满负荷功耗80kW），原电路仅能承载30kW，需增容并设计双回路供电；

散热：服务器集群发热集中，普通空调无法维持22±2℃的恒温要求，需配置精密空调+行间制冷；

冗余：数据存储要防丢（比如测序数据一旦丢失无法复现），需采用RAID6+热备盘+异地容灾三重保障。

最终确定技术路线：以“计算节点（CPU+GPU）+存储阵列（分布式并行文件系统）+高速网络（万兆内网）”为核心架构，搭配环境监控、安全防护等辅助系统。

2.2材料与设备清单

设备采购是最耗精力的环节。我们列了3版清单，反复对比性能与成本：

计算设备：主节点选用2U双路服务器（28核CPU×2，128GB内存），用于任务调度；计算节点选4U服务器（40核CPU+4×32GB显存GPU），满足AI训练需求；

存储设备：主存储采用全闪阵列（200TB有效容量，IOPS≥100万），冷存储用磁盘阵列（1PB，支持归档级压缩）；

网络设备：核心交换机为万兆光口（支持RDMA协议，降低计算节点通信延迟），接入交换机覆盖实验室及周边科研室；

辅助设备：20kVAUPS（满载续航1小时）、30匹精密空调（带加湿除湿功能）、防静电地板（承重≥1000kg/㎡）、七氟丙烷气体灭火装置。

2.3人员组织架构

项目组由5人核心团队+外部协作方组成：我任项目经理，负责整体协调；2名技术工程师（1名侧重IT架构，1名擅长生物信息学场景）；1名施工督导（监督装修质量）；1名安全员（全程跟进安全规范）。协作方包括：电力改造单位、设备供应商（要求到场安装调试）、第三方检测机构（验收时做电磁兼容、温湿度测试）。

三、施工实施：分阶段攻坚的“技术马拉松”

3.1基础设施改造（第1-4周）

这一阶段像给实验室“打地基”，稍有疏漏就会影响后续设备运行。

空间改造：原地面铲除至水泥层，铺设40mm厚防静电地板（架空层预留走线空间）；墙面刷防火涂料（A级阻燃），顶部安装微孔吸音板（降低设备噪音）；门窗换成双层密封玻璃（防尘，实验室洁净度需达ISO7级）。

电力与接地：联系供电局增容至120kW，从配电房单独拉380V专线；强弱电分开走线（间距≥30cm），避免电磁干扰；设备接地电阻测了3次，最终稳定在0.8Ω（标准要求≤4Ω）。

制冷系统安装：精密空调吊装在实验室西侧墙面，出风口正对服务器机柜；行间制冷设备嵌入机柜间隙（后来发现效果比预期好，机柜顶部温度比传统方案低5℃）。

3.2核心设备安装（第5-7周）

设备进场那天，我盯着物流师傅拆封，像拆“科研宝贝”——服务器、存储阵列都是定制包装，泡沫垫厚得能当床垫。安装时严格按“先主后辅、先静后动”原则：

机柜布局：4排标准19英寸机柜（600mm×1000mm×2200mm），每排间距1.2米（方便运维）；主交换机机柜放中央，计算节点和存储阵列分两侧排列（缩短网络跳线长度）。

设备上架：服务器用液压推车推进机柜，固定螺丝时得