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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪种文件格式用于存储测序数据的序列和质量信息?
A.FASTA
B.FASTQ
C.BAM
D.VCF
答案:B
解析:FASTA格式仅存储序列信息(A错误);BAM是压缩的比对文件(C错误);VCF用于存储变异信息(D错误);FASTQ格式同时包含序列(@行)和质量分数(+行及后续),是测序原始数据的标准格式(B正确)。
常用的短序列比对工具BWA主要用于哪种测序数据的处理?
A.全基因组重测序(WGS)
B.单细胞ATAC-seq
C.蛋白质质谱
D.16SrRNA扩增子测序
答案:A
解析:BWA是针对短读长(如Illumina)的比对工具,广泛用于WGS、WES等基因组测序数据的比对(A正确);单细胞ATAC-seq需专门的染色质开放区域处理工具(B错误);质谱数据处理使用ProteomeDiscoverer等工具(C错误);16S扩增子常用QIIME2或Mothur(D错误)。
以下哪个数据库属于一级生物信息学数据库?
A.GO(基因本体论)
B.KEGG(京都基因与基因组百科全书)
C.GenBank(基因序列数据库)
D.STRING(蛋白质互作数据库)
答案:C
解析:一级数据库直接存储原始实验数据(如GenBank的DNA序列)(C正确);GO、KEGG、STRING均为二级数据库,对原始数据进行整合注释(A、B、D错误)。
在RNA-seq分析中,DESeq2软件主要用于?
A.序列比对
B.差异表达基因检测
C.功能富集分析
D.可变剪切分析
答案:B
解析:DESeq2通过负二项分布模型校正测序深度和离散度,专门用于差异表达基因的统计检验(B正确);序列比对用STAR或HISAT2(A错误);功能富集用clusterProfiler(C错误);可变剪切用rMATS(D错误)。
以下哪种变异类型不属于小变异(SmallVariant)?
A.SNP(单核苷酸多态性)
B.Indel(插入缺失)
C.CNV(拷贝数变异)
D.同义突变
答案:C
解析:小变异通常指长度50bp的变异(SNP、Indel、同义/错义突变等)(A、B、D正确);CNV属于结构变异(SV),长度通常50bp(C错误)。
生信分析中常用的质量控制工具FastQC主要评估的指标是?
A.变异位点的杂合率
B.测序读长的GC含量分布
C.基因表达量的相关性
D.蛋白质的二级结构
答案:B
解析:FastQC通过可视化报告评估测序数据质量,包括GC含量分布、质量分数分布、接头污染等(B正确);变异杂合率用VCFtools分析(A错误);表达量相关性用相关性矩阵(C错误);蛋白质结构用Phyre2或SWISS-MODEL(D错误)。
以下哪个工具用于基因组组装?
A.GATK
B.SPAdes
C.IGV
D.Salmon
答案:B
解析:SPAdes是针对短读长的基因组组装工具(B正确);GATK用于变异检测(A错误);IGV是可视化工具(C错误);Salmon用于转录本定量(D错误)。
在宏基因组分析中,常用于物种分类的数据库是?
A.RefSeq
B.Pfam
C.COG
D.KEGG
答案:A
解析:RefSeq包含大量物种的参考基因组,是宏基因组物种分类(如Kraken2)的常用数据库(A正确);Pfam是蛋白质结构域数据库(B错误);COG是同源基因簇数据库(C错误);KEGG是通路数据库(D错误)。
单细胞RNA-seq数据中,“双细胞”(Doublet)指的是?
A.同一细胞检测到两种不同的mRNA
B.两个细胞被错误地捕获到同一个微滴中
C.同一基因的两种剪接异构体
D.两种不同物种的细胞混合
答案:B
解析:双细胞是单细胞测序中因微滴捕获效率问题,两个细胞被封装到同一微滴,导致数据混合的现象(B正确);其他选项均不符合定义(A、C、D错误)。
以下哪种文件格式用于存储基因组比对结果的二进制压缩格式?
A.SAM
B.BAM
C.VCF
D.GTF
答案:B
解析:BAM是SAM(序列比对格式)的二进制压缩版本,节省存储空间且支持快速随机访问(B正确);SAM是文本格式(A错误);VCF存储变异(C错误);GTF存储基因注释(D错误)。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)
全基因组重测序(WGS)的主要分析流程包括以下哪些步骤?
A.原始数据质量控制(QC)
B.序列比对到参考基因组
C.变异检测(SNP/Indel)
D.基因表达量计算
答案:ABC
解析:WGS分析核心是从原始数据(FASTQ)→质控(A)→比对(B)→变异检测(C);基因
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