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奥密克戎阳性案例检测结果如何判读分析
新型冠状病毒奥密克戎(2019-nCoV-Oniicron)病毒谱系在2021年11月22日由南非首次报告，由于此变异株具有高度传染性和免疫逃逸机制，使得其迅速取代德尔塔毒株在全世界七十多个国家和地区迅速广泛传播。
近期在我国广州、天津等地相继出现奥密克戎变异株境外输入病例和本土病例。快速有效的核酸检测是防止奥密克戎变异株传播的关键手段。临近年关，各地疾控防疫工作繁重，实验室人员也急需掌握omicron的核酸检测工作。由于近期有幸接触omicron核酸实验，特此分享。
本实验室于2022年1月6日?1月8日陆续接到某境外航班隔离点送检的隔离人员鼻拭子和咽拭子双采样本，采用武汉明德和上海伯杰的2019-nCoV新冠病毒核酸检测试剂盒，检测结果如表lo
2022010701
鼻+咽拭
21.24
23.05
22.06
22.02
2022010702
鼻+咽拭
19.23
20.66
19.70
19.73
2022010703
鼻+咽拭
22.76
23.88
25.00
24.13
2022010704
鼻+咽拭
23.85
25.51
25.32
25.12
2022010905
鼻+咽拭
38.15
36.58
37.80
37.04
2022010906
鼻+咽拭
21.10
22.43
21.84
20.51
考虑到此境外航班出发地近期有omicron感染病例报到，遂增加omicron变异株核酸检测。
采用上海伯杰新型冠状病毒2019-nCoV-Omicron突变核酸检测试剂盒(荧光PCR法)检测。
本突变株试验采用实时荧光PCR技术，针对2019新型冠状病毒的ORF基因保守区域设计特异性引物和Taqman探针，并采用ARMS-qPCR的原理，以新型冠状病毒2019-nCoV的S蛋白中突变位点K417N、E484A、N501Y的突变信息设计特异性引物和TaqMan探针，通过荧光定量PCR仪进行扩增，检测新型冠状病毒阳性样本是否含有上述突变位点，从而实现对野生型新型冠状病2019-nCoV与突变株Omicron(B.1.1.529)的鉴别。
实验体系配置分为A/B两种，A管反响液包含2019-nCoVORFlab、S(E484A)引物和探针；B管反响液包含2019-nCoVS(417N)、S(N501Y)引物和探针。按照试剂盒说明书操作实验，结果如下表2o
2022010701
鼻+咽拭
21.38
27.04
21.53
21.67
2022010702
鼻+咽拭
21.29
25.87
21.34
21.90
2022010703
鼻+咽拭
22.76
27.71
22.92
23.15
2022010704
鼻+咽拭
24.43
28.91
24.25
24.36
2022010905
鼻+咽拭
37.06
N
N
N
2022010906
鼻+咽拭
20.02
24.98
21.20
20.55
阳性对照
/
23.94
25.47
24.94
25.19
阴性对照
/
N
N
N
N
四个检测靶标的阴性对照均无CT值，阳性对照CT值均＜35,此次实验有效。
阳性结果判读标准：
参比基因ORFlab阳性参考值为CT值W42
突变位点阳性参考值为CT值W42,且突变位点与参比基因的CT值差值W6o
三个突变位点CT值均符合上述标准，才可判断为Omicron(B.1.1.529)突变株核酸阳性；否那么仅可提示突变位点，不做突变株判定。
具体突变位点判断结果分析如下表3.
2022010701
鼻+咽拭
阳性
阳性
阳性
阳性
2022010702
鼻+咽拭
阳性
阳性
阳性
阳性
2022010703
鼻+咽拭
阳性
阳性
阳性
阳性
2022010704
鼻+咽拭
阳性
阳性
阳性
阳性
综上实验分析，此次四份送检样本均为2019-nCoV-0micron变异株阳性。
实验中遇到的问题：
第一次使用此变异株检测试剂盒时，计算变异位点与参比基因差值时，E484A基因与ORFlab基因差值易出现在临界值的情况，对结果判读会造成影响，可能需要重复实验或者更换不同厂家提供的试剂盒佐证。
2019-nCoV核酸检测结果假设N或ORFlab基因CT值偏大，那么Omicron突变位点阳性概率较低，可在实际工作中提供一局部参考。
不同厂家提供的变异位点核酸检测试剂盒的靶标位点不同，有灰区结果导致无法分析是否为变异株时，需要采用不同试剂盒重复实验。
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