基于RNA聚合酶Ⅱ相关基因集的多组学整合分析结肠癌预后分子亚型研究.pdfVIP

浙江医学2025年第47卷第19期

●论著

基于RNA聚合酶Ⅱ相关基因集的

多组学整合分析结肠癌预后分子

亚型研究

王绪宁张岳庄同田辛振龙朱彦鹏段福孝王鑫宇张成

【摘要】目的通过基于RNA聚合酶（RNAP）Ⅱ相关基因集的多组学整合分析，确定结肠癌（CRC）预后分子亚型。方法利

用MSigDB、肿瘤全基因图谱、基因表达综合数据库下载数据集，确定CRC分子亚型以及聚类数目，采用生物信息学手段进行基因富

集、体细胞突变、免疫细胞浸润以及CRC患者含1A的核前体mRNA结构域的调控蛋白（RPRD1A）表达与预后关系的分析。以野生型

SW480细胞为对照（对照组），经慢病毒质粒系统处理构建稳定过表达RPRD1A的SW480细胞（过表达组），经短发夹状双链RNA

处理构建敲低RPRD1A的SW480细胞（敲低组），采用细胞计数试剂盒-8、细胞克隆形成实验分别检测细胞活力和克隆形成数

量。结果CRC预后分子亚型分析中最适宜的聚类数目为3。3个亚组间有24条信号通路存在明显差异；亚组中体细胞突变率最高

的基因是TP53、APC。3个亚组间体细胞突变模式存在一定的相似性和明显差异，免疫相关基因CD274、PDCD1、CTLA4、LMTK3、

PIM3、LAG3、TIGIT、IDO1、HAVCR2、TNFRSF4和RNAPⅡ相关基因RPRD1A、TP53、RPRD1B、POLR2J、FOXP3等表达均存在明显

差异。CRC组织中RPRD1AmRNA相对表达量明显高于配对的正常组织，且随着CRC分期的增加而呈下降趋势；RPRD1A高表达组

患者总体生存率明显高于RPRD1A低表达组。与对照组比较，过表达组RPRD1AmRNA相对表达量较高，细胞活力较低，细胞克隆形

成数量较少，差异均有统计学意义（均P＜0.01）。与对照组比较，敲低组RPRD1AmRNA相对表达量较低，细胞活力较高，细胞克隆形

成数量较多，差异均有统计学意义（均P＜0.05）。结论基于RNAPⅡ相关基因集确定CRC3个分子亚组，各组间分子亚型存在明显

差异，且细胞实验证实RPRD1A能显著抑制CRC细胞增殖。

【关键词】RNA聚合酶Ⅱ；结肠癌；含1A的核前体mRNA结构域的调控蛋白；分子亚型

Integrativemulti-omicsanalysisidentifiesprognosticmolecularsubtypesofcoloncancerbasedonRNApolymeraseⅡ-related

genesets

WANGXuning,ZHANGYue,ZHUANGTongtian,XINZhenlong,ZHUYanpeng,DUANFuxiao,WANGXinyu,ZHANGCheng

First-authorsaddress:DepartmentofGeneralSurgery,GeneralHospitalofNorthernTheaterCommand,Shenyang110016,China

Correspondingauthor:ZHANGCheng,E-mail:zhangcheng1092@163.com

【Abstract】ObjectiveToidentifyprognosticmolecularsubtypesofcolorectalcancer(CRC)throughintegrativemulti-

omicsanalysisbasedonRNApolymerase(RNAP)Ⅱ-relatedgenesets.MethodsDatasetswereretrievedfromMSigDB,

TheCancerGenomeAtlas,andtheGeneExpressionOmnibusdatabasetodeterminemolecularsubtypesandoptimalcluster

numbersinCRC.Bioinformaticsapproacheswereappliedtoanalyzegeneenrichment,somaticmutations,immunecell

infiltration,andtheassociationbetweentheexpressionofregulationproteincontainingnuclearpre-mRNAd