高通量DNA测序中检测流程与工具选择分析.pdfVIP

DOI10.1007/s00439‑012‑1213‑z

综述

从高通量数据中进行SNP检测的初学者指南

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AndreAltmannPeterWeberDaniel

Bader•••

MichaelPreußElisahB.Binder

BertramMu¨ller‑Myhsok

收稿日期：／接受日期：／日期：2012年8月

11日ÓVerlag2012

高通量（HTS）在生命科学领域正变得一个对公开可用的全外显子组数据集的分析。为

越来越重要。其中最突出的应用之一是对整个组此，我们使用了多个比对程序和SNP检测流程，以强

或特定的组区域（如全部外显子区域，即外显子调这样一个：工具的选择会显著影响最果。

组）进序。在这些研究中，目标是识别遗传变异，

如单核苷酸多态性（SNPs）。从原始遗传序列中提取

SNPs需要多个处理步骤，并应用多种不同的工具。我

们综述了从原始HTS数据中进行SNP检测流程的关键组引言

成模块。该流程包括质量控制、短序列片段比对到参考

人类组的首次工作于2001年发布了初步草图，

组、可视化以及对齐结果的后处理（包括碱基质量

这是只有大型研究才能完成的工作，而且仍然耗

重校准）。流程的最后步骤是SNP检测过程以及SNP候

费了十年时间和大量（Consortium2004;

选位点的过滤。整个流程的各个步骤均伴随着

Lander等2001;Venter等2001）。人类组的这

一蓝图促进了多项后续技术的发展，例如（以当前形

式）全组关联研究和使用微阵列的全组

表达谱分析。这些技术使我们能够研究疾病和其他遗

电子补充材料本文的版本（doi：传性状背后的分子生物学机制。沿着这一方向的技

10.1007/s00439-012-1213-z）包含补充材料，用户可获取。术进步，即新一代技术（NGS），使得在单个实

验室中仅需数周时间并以相对较低的成本对单个的

A.AltmannB.Mu¨ller‑Myhsok统计遗传学，·普朗

克学，Kraepelinstrasse2‑10,80804慕尼黑，德整个组进行常规和重成为可能。可行性方

国面不仅包括必要的能力，还包括用于分析原始遗传

现地址：A.Altmann（）神经精神疾病功能成像，数据所需的计算资源以及必要的生物信息学工具。

斯坦福大学医学院，780Welch大道，105室，帕洛阿尔NGS也被称为高通量（HTS），这是一个更

托，CA94304，电子邮件：为通用的术语，在整篇文稿中使用该术语，因为

altmann@它也涵盖了未来几代技术。

P.WeberD.Bader