I快速入门指南：安装配置与数据导入教程.pdfVIP

IGVQuickStart

1安装java

地址：CN/

2安装IGV

2.1Briefregistrationisrequired:

2.2downloadandinstall

3打开igv软件

3.1根据菜单导入*.fa文件数据

Genomes-àloadgenomesfromfile-àselectyourtargetorganismgenomeinfasta

format

3.2根据菜单导入*.gtf文件数据，（也可以是*.gff）

FileàloadfromFile-àselectannotationfileingtf(gff)format

根据菜单导入文件数据

àà同一个文件夹下必

须同时包含，具有共同前缀的文件

4根据菜单调整视图

偏好设置

à选中

选中后，方便直观在左侧看到打开的文件（如）

选中后可以直观形象的看到的形状（）及标尺（）

使用（可根据自己的或要表达的信息来调整出自己感的

区域）

组文件

当前界面下显示区域所在

当前界面下显示区域，

恢复，前进，刷新，标注感区域，依据当前界面调整每个轨道（）

的宽度（从左向右）

调整当前界面的最小单位长度

当前界面显示

最小单位长度

个

5结果说明

显示比对结果的界面有不同的组成部分：覆盖度显示区，比对区，参考

组及注释区（分别对应到上图的三个）。

—覆盖度：的高度代表比对到此处的片段（）

数目，当比对到参考组上的片段中有超过与参考组不同时，就用

不同的颜色标注：红色，蓝色，绿色，橙色。否则就用灰色标注。在更

高的分辨率下，可以查看每个碱基下覆盖的各种碱基的数目及比例。

Thealignmenttrack—比对：低分辨率下（如上图）实心灰代表比对质量比较

高的片段，空心灰代表比对到此处的片段也可以比对到其他位点。高分

辨率下，可以精确到每个位点的碱基类型：当比对序列上与参考组相同的超

过80%时，用灰色表示；否则用红色-T，蓝色-C，绿色-A，橙色-G。

Theannotationtrack—注释：蓝色粗线—外显子区域，细线内含子区域，空

白—间隙