R语言高级绘图：维恩图、PCA图与热图应用.pdfVIP

维恩图热图

维恩图PCA图热图

•需要安装的包

•VennDiagram=维恩图

•gmodels=PCA图

•pheatmap=热图

•安装包

•install.packages(包名)

•需要安装的包

•VennDiagram=维恩图

•gmodels=PCA图

•pheatmap=热图

•安装包

•install.packages(包名)

维恩图PCA图热图

维恩图PCA图热图

分析

结果展示

分

析结果展示

•纹枯病分析结果：

•文件：CC.orthologs、CN.orthologs、

UM.orthologs和IA.orthologs（四个担子菌中存在的

）

•：水稻纹枯病病原菌的进化与致病

机制（NatureCommunications）。

•纹枯病分析结果：

•文件：CC.orthologs,CN.orthologs,

UM.orthologs和IA.orthologs（四个担子

菌中存在的）

•：Theevolutionandpathogenic

mechanismsofthericesheathblight

pathogen(NatureCommunications).

数据

•#导入包

•library(VennDiagram)

•#设置工作路径(part2_data)

•#4个数据文件:

•CC=read.table(CC.orthologs,header=F)

•CN=read.table(CN.orthologs,header=F)

•IA=read.table(IA.orthologs,header=F)

•UM=read.table(UM.orthologs,header=F)

•#生成list

•输入=列表（CC=CC$V1，CN=CN$V1，IA=IA$V1，UM=UM$V1)

数据

•#导入包

•library(VennDiagram)

•#设置工作路径（part2_data）

•#4个数据文件：

•CC=read.table(CC.orthologs,header=F)

•CN=read.table(CN.orthologs,header=F)

•IA=read.table(IA.orthologs,header=F)

•UM=read.table(UM.orthologs,header=F)

•#生成list

•input=list(CC=CC$V1,CN=CN$V1,IA=IA$V1,UM=UM$V1)

•venn.diagr