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两分钟看懂基因组注释文件.docxVIP

两分钟看懂基因组注释文件.docx

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    两分钟看懂基因组注释文件

    什么是GFF文件

    GFF格式是Sanger研究所定义，是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式，比如序列的哪里到哪里是基因。GFF格式已经成为序列注释的通用格式。

    GFF文件包含了那些信息？

    SL3.0ch00??maker_ITAG?gene??328352?334459?.?+?.?ID=Solyc00g005005.1;Alias=Solyc00g005005;Name=Solyc00g005005.1;length=6107

    SL3.0ch00??maker_ITAG?mRNA??328352?334459?.?+?.?ID=mRNA:Solyc00g005005.1.1;Parent=Solyc00g005005.1;Name=Solyc00g005005.1.1;_AED=0.56;Note=Retrotransposonprotein,putative,Ty3-gypsysubclass(AHRDV3.3*-*Q7XE96_ORYSJ)

    SL3.0ch00??maker_ITAG?exon??328352?328372?.?+?.?ID=exon:Solyc00g005005.1.1.1;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?CDS328352?328372?.?+?0?ID=CDS:Solyc00g005005.1.1.1;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?exon??328439?328507?.?+?.?ID=exon:Solyc00g005005.1.1.2;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?CDS328439?328507?.?+?0?ID=CDS:Solyc00g005005.1.1.2;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?exon??328538?328702?.?+?.?ID=exon:Solyc00g005005.1.1.3;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?CDS328538?328702?.?+?0?ID=CDS:Solyc00g005005.1.1.3;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?exon??328940?329026?.?+?.?ID=exon:Solyc00g005005.1.1.4;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?CDS328940?329026?.?+?0?ID=CDS:Solyc00g005005.1.1.4;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?exon??329196?329318?.?+?.?ID=exon:Solyc00g005005.1.1.5;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?CDS329196?329318?.?+?0?ID=CDS:Solyc00g005005.1.1.5;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?exon??333732?333782?.?+?.?ID=exon:Solyc00g005005.1.1.6;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?CDS333732?333782?.?+?0?ID=CDS:Solyc00g005005.1.1.6;Parent=mRNA:Solyc00g005005.1.1

    SL3.0ch00??maker_ITAG?exon??334175?334459?.?+?.?ID=exon:Solyc00g00

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