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生物信息分析师考试试卷
一、单项选择题(共10题,每题1分,共10分)
以下哪项是二代测序(NGS)的典型特征?
A.读长超过10kb
B.基于链终止法(Sanger)测序
C.高通量、短读长
D.单分子实时测序
答案:C
解析:二代测序(NGS)的核心特点是高通量、短读长(通常50-300bp),A为三代测序(如PacBio)特征,B为一代测序(Sanger)原理,D为三代测序(如OxfordNanopore)的单分子技术。
常用于基因组序列比对的工具是?
A.BLAST
B.BWA
C.HMMER
D.SAMtools
答案:B
解析:BWA(Burrows-WheelerAligner)是经典的短序列比对工具,用于将测序reads比对到参考基因组;A是序列相似性搜索工具,C用于隐马尔可夫模型分析,D用于处理SAM/BAM格式文件。
以下哪个数据库主要存储蛋白质三维结构信息?
A.GenBank
B.UniProt
C.PDB
D.KEGG
答案:C
解析:PDB(蛋白质数据库)存储实验测定的蛋白质三维结构;A是核酸序列数据库,B是蛋白质序列及功能数据库,D是整合生物系统功能信息的数据库。
变异检测中,GATK的主要功能是?
A.去除测序接头
B.识别SNV和Indel
C.定量基因表达
D.预测蛋白质相互作用
答案:B
解析:GATK(基因组分析工具包)是主流的变异检测工具,用于识别单核苷酸变异(SNV)和插入缺失(Indel);A是Trimmomatic的功能,C是Salmon或RSEM的功能,D是STRING数据库的应用。
RNA-seq数据中,RPKM/FPKM的主要作用是?
A.评估测序数据质量
B.校正基因长度和测序深度差异
C.检测剪接异构体
D.分析序列保守性
答案:B
解析:RPKM(每百万映射reads的千碱基转录本reads数)和FPKM用于标准化基因表达量,消除基因长度和测序深度的影响;A通过FastQC评估,C通过StringTie分析,D通过PhyloP等工具评估。
以下哪项不属于单细胞RNA-seq的关键步骤?
A.细胞分离(如流式分选)
B.全基因组扩增(WGA)
C.文库构建
D.降维分析(如UMAP)
答案:B
解析:单细胞RNA-seq针对RNA,需进行全转录组扩增(WTA)而非全基因组扩增(WGA,用于DNA);A是单细胞分离的必要步骤,C是测序前处理,D是单细胞数据可视化的常用方法。
系统发育树构建中,Bootstrap值的主要意义是?
A.表示序列相似度
B.评估树分支的置信度
C.反映进化时间
D.指示物种地理分布
答案:B
解析:Bootstrap值(通常0-100)通过重采样评估树分支的可靠性,值越高(如70)表示该分支置信度越高;A由序列比对得分反映,C由分子钟模型估计,D需结合地理数据。
ChIP-seq数据中,peakcalling的主要目的是?
A.检测转录因子结合位点
B.分析基因表达量
C.识别结构变异
D.预测蛋白质结构
答案:A
解析:ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)通过peakcalling定位转录因子或组蛋白修饰的结合区域;B是RNA-seq的功能,C通过CNVnator等工具检测,D通过AlphaFold等工具预测。
生信分析中,FASTQ格式的质量值通常采用以下哪种编码?
A.ASCII33(Phred+33)
B.ASCII64(Phred+64)
C.两者均可能(取决于测序平台)
D.二进制编码
答案:C
解析:Illumina早期平台(如GAII)使用Phred+64(ASCII64-126),HiSeq及后续平台使用Phred+33(ASCII33-93),因此需根据具体数据判断;D不是常见质量值编码方式。
以下哪种算法常用于序列比对中的动态规划优化?
A.Smith-Waterman(局部比对)
B.BLAST(启发式搜索)
C.K-means(聚类)
D.PCA(主成分分析)
答案:A
解析:Smith-Waterman算法是经典的局部序列比对动态规划方法;B是启发式算法(非严格动态规划),C用于数据聚类,D用于降维。
二、多项选择题(共10题,每题2分,共20分)
以下属于NGS数据预处理步骤的有?
A.去除低质量reads(Trimming)
B.接头序列去除(AdapterRemoval)
C.比对到参考基因组(Mapping)
D.质量控制报告生成(FastQC)
答案:ABD
解析:预处理指测序后、比对前的处理,包括质量控制(FastQC)、去接头(如Trimmomatic)、去除低质量reads;C是比对步骤,属
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