CN113151566A 工业大麻性别连锁snp分子标记、筛选方法及其应用 （潍坊兴旺生物种业有限公司）.docxVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局

(12)发明专利申请

(10)申请公布号CN113151566A

(43)申请公布日2021.07.23

(21)申请号202110544993.9

(22)申请日2021.05.19

(71)申请人潍坊兴旺生物种业有限公司

地址261299山东省潍坊市峡山区怡峡街

197号6号楼129室

(72)发明人张从省王喜萍

(74)专利代理机构青岛清泰联信知识产权代理有限公司37256

代理人张洁

(51)Int.CI.

C12Q1/6895(2018.01)

C12Q1/6879(2018.01)

C12Q1/6809(2018.01)

C12N15/113(2010.01)

权利要求书2页说明书9页序列表4页附图4页

(54)发明名称

工业大麻性别连锁SNP分子标记、筛选方法及其应用

(57)摘要

CN113151566A本发明提出一种工业大麻性别连锁SNP分子标记、筛选方法及其应用，属于分子标记技术领域，能解决现有SNP分子标记存在准确性低，鉴定结果不理想的问题。该技术方案包括：将雄性特异性序列片段与大麻基因组数据库中的序列进行比对，获得工业大麻X染色体和Y染色体片段比对的差异；根据工业大麻X染色体和Y染色体片段比对的差异，以雄性特异性序列片段为模板设计多对特异性引物和多对随机简并引物，并以此作为引物进行多轮次PCR扩增反应；对多轮次PCR扩增反应所得PCR产物进行测序分析，筛选出雄性特异性序列片段的侧翼序列；将侧翼序列与大麻基因组数据库中的序列进行比对，根据比对结果确定SNP分子标记位点。本发明具有准确性

CN113151566A

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CN113151566A权利要求书1/2页

2

1.工业大麻性别连锁SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：

将雄性特异性序列片段与大麻基因组数据库中的序列进行比对，获得工业大麻X染色体和Y染色体片段比对的差异；

根据所述工业大麻X染色体和Y染色体片段比对的差异，以所述雄性特异性序列片段为模板设计多对特异性引物和多对随机简并引物，并以此作为引物进行多轮次PCR扩增反应；

对所述多轮次PCR扩增反应所得PCR产物进行测序分析，筛选出所述雄性特异性序列片段的侧翼序列；

将所述侧翼序列与大麻基因组数据库中的序列进行比对，根据比对结果确定SNP分子标记位点。

2.根据权利要求1所述的工业大麻性别连锁SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，所述雄性特异性序列片段为MADC6片段，其序列如SEQIDNO.1所示，所述侧翼序列为WBSDMY604,其序列如SEQIDNO.2所示。

3.根据权利要求1所述的工业大麻性别连锁SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，所述多对特异性引物为六条正反向特异性引物，分别为SP1F和SPF1、SP2F和SPF2以及SP3F和SPF3,所述SP1F和SPF1、SP2F和SPF2以及SP3F和SPF3的序列如SEQIDNO.3-8所示。

4.根据权利要求1所述的工业大麻性别连锁SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，所述多对随机简并引物为六条正反向简并引物，分别为AD1和AD2、AD3和AD4以及AD5和AD6,所述AD1和AD2、AD3和AD4以及AD5和AD6的序列如SEQIDNO.9-14所示。

5.根据权利要求1所述的工业大麻性别连锁SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，所述多轮次PCR扩增反应为三轮次PCR扩增反应，包括第一轮PCR扩增反应、第二轮PCR扩增反应和第三轮PCR扩增反应。

6.根据权利要求5所述的工业大麻性别连锁SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，所述第一轮PCR扩增反应的反应体系为：TaqMix10μ1、SP