大规模并行测序（MPS）测序数据质量评估标准标准立项修订与发展报告.docxVIP

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《大规模并行测序（MPS）测序数据质量评估标准》发展报告

EnglishTitle:DevelopmentReportontheStandardforQualityAssessmentofMassivelyParallelSequencing(MPS)Data

摘要

随着生命科学进入基因组学时代，大规模并行测序（MassivelyParallelSequencing,MPS，亦称高通量测序）技术已成为基础研究、临床诊断、精准医疗及生物产业发展的核心驱动力。该技术能够在单次运行中产生海量序列数据，但数据的生物信息学分析面临存储、计算及解读等多重挑战。其中，测序数据质量是决定下游分析结果（如变异检测、基因表达定量）准确性与可靠性的基石。然而，由于样品制备、平台差异、生信流程的复杂性，数据质量评估在实践中常被忽视或缺乏统一标准，导致研究结果的可比性与可重复性降低，甚至可能引发错误的生物学结论或临床决策。

本报告旨在阐述《大规模并行测序（MPS）测序数据质量评估标准》立项的背景、核心内容及其重要意义。该标准系统性地构建了覆盖MPS数据处理全生命周期的质量评估框架，明确了从原始数据生成、序列比对与组装到基因组变异检测三个关键阶段的质量控制指标、评估方法和具体要求。报告详细介绍了标准的主要技术内容，包括对原始数据文件格式、质量值（Q-score）、碱基组成、重复序列、覆盖深度与均一性等核心参数的评估规范，以及对不同MPS平台（如Illumina,MGI,OxfordNanopore等）的针对性建议。

本标准的制定与实施，将有效规范行业内MPS数据的质量评估流程，提升数据分析的透明度和一致性，为科研数据的共享、临床检测报告的互认、以及监管机构的审评提供关键的技术依据，对推动我国基因科技产业的健康、有序和高质量发展具有深远影响。

关键词：

大规模并行测序；高通量测序；数据质量评估；质量控制；生物信息学；标准化；变异检测；测序数据

Keywords:

MassivelyParallelSequencing(MPS);High-ThroughputSequencing;DataQualityAssessment;QualityControl;Bioinformatics;Standardization;VariantCalling;SequencingData

正文

一、立项背景与目的意义

大规模并行测序（MPS）是一种革命性的核酸测序技术，它通过大规模并行处理，实现了对全基因组、转录组及目标区域核酸序列的高通量、低成本测定。该技术已广泛应用于遗传病筛查、肿瘤基因组学、病原微生物检测、农业育种及进化生物学等众多生命科学领域，产生了数以亿计的数据点。

然而，MPS数据的生成与分析是一个高度复杂的过程，其最终序列确定的质量受到多重变量的影响：首先，起始样本的质量（如DNA/RNA的完整性、纯度）是数据可靠性的源头；其次，文库构建过程中的片段化、末端修复、接头连接等步骤会引入偏好性和误差；再次，不同测序平台（如基于合成测序的Illumina、基于纳米孔电信号的OxfordNanopore等）其原理、读长和错误模式各异；最后，也是最关键的环节，即测序后产生的原始数据的质量，直接决定了所有下游生物信息学分析的成败。

当前行业面临的核心挑战在于：数据处理流程（Pipeline）的各个阶段缺乏统一、明确的质量控制（QC）指标监控体系。许多研究或应用项目在追求分析深度和速度时，容易忽视对数据质量的系统性评估，导致基于低质量数据得出的变异列表、表达谱或组装结果存在高度不确定性。这种不确定性在临床转化应用中可能带来误诊风险，在科学研究中则损害结果的可重复性。

因此，制定一项专门针对MPS测序数据质量评估的国家或行业标准，具有紧迫而重大的意义：

1.确保分析可靠性：为数据使用者提供一套从原始数据到最终变异/表达结果的全程质量“标尺”，确保下游生物学结论建立在坚实的数据基础之上。

2.提升流程规范性：统一不同实验室、不同分析流程的质量评估方法和报告格式，促进数据分析过程的标准化和透明化。

3.增强结果可比性：使来自不同项目、不同平台的数据在质量层面具有可比性，为多中心研究、数据整合与再分析（Meta-analysis）创造条件。

4.支撑行业监管：为体外诊断试剂（如NGS检测试剂盒）的注册审评、临床实验室的质量体系建立提供关键技术标准依据。

5.推动技术发展：明确的质量要求将反向推动测序仪器制造商、生信软件开发者不断优化其产品性能和数据输出质量。

本标准的制定，正是为了系统性地应对上述挑战，通过提供一个全面的质量评估考虑因素列表和针对不同MPS平台的具体建议，填补该领域