Fst值计算与排序流程及事项.pdfVIP

所需:pairwiseFst.pl

确保文件为“inp”格式压缩文件

计算Fst按FST值对文件进行排序

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15:42:45@biocomp4:我的登革$gzipVasLeak.inp15:43:27@biocomp4:我

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的登革$perl/home/boonpeng/Desktop/pairwiseFst.plVasLeak.inp.gz

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Control.inp.gzVasLeak-Control.fst15:50:42@biocomp4:我的登革$sort-k7gr

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VasLeak-Control.fstVasLeak-Control.fst.sort15:51:13@biocomp4:我的登革$

sd2=paste(data2[,1],data2[,2],data2[,3],data2[,4],sep=)15:51:25

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@biocomp4:我的登革$sVasLeak-Control.fst.sort

*注意：文件质量控制。必须进行比较——查找已被过滤的SNP（首先查找

FST值最高的），并排除这些SNP

将2个i件合并为1个（例如MAS+CHS）：

检查列表，剪切文件并粘贴到新文

件中，检查文件是否相同

__

15:54:37@biocomp4:My登革热$zcat/picb/humpopg7/BPHoh/My

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登革热/VasLeak.inp.gz|tail|cut-f1-1015:54:47@biocomp4:My登

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革热$cut-f6-SGVP.CHSSGVP.CHS215:55:48@biocomp4:My登革热

$paste-d\tSGVP.MASSGVP.CHS2COMBINED15:56:31

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@biocomp4:My登革热$difffile1file2

*注意：确保SNP的序列和链相同*注意：“\t”=制表符

执行bootstrap：

:GlobalFst.pl运行Fst后进行排序（输出文件应为：XX.sort.fst）输

入=perl目录GlobalFst.pl输入文件目录（bootstrap次数）*注意：

只需输入文件目录，不需要文件名；不需要输出文件名。

birdseed文件没有进行质量控制。使用Plink对birdseed文件进行了质量控制，并提取了

SNP列表。然而，这个SNP列表与那些不兼容

Scriptrequired:pairwiseFst.pl

Makesurethefiarein“inp”format

Zipthefi

CalculateFst

SortthefiaccordingtoFSTvalue

15:42:45@biocomp4:My_Dengue$gzipVasLeak.inp

15:43:27@biocomp4:My_Dengue$perl/home/boonpeng/Desktop/pairwiseFst.pl

VasLeak.inp.gzControl.inp.gzVasLeak-Control.fst

15:50:42@biocomp4:My_Dengue$sort-k7grVasLeak-Control.fstVasLeak-

Control.fst.sort

15:51:13@biocomp4:My_Dengue$